Nodaviridae

Nodaviridae
Journal.ppat.1005203.g001.A.png

EM- opptak av GNNV- virioner etter selvmontering

Systematikk
Klassifisering : Virus
Rike : Riboviria
Empire : Orthornavirae
Phylum : Kitrinoviricota
Klasse : Magsaviricetes
Bestilling : Nodamuvirales
Familie : Nodaviridae
Taksonomiske egenskaper
Genom : (+) ss RNA
Baltimore : Gruppe 4
Vitenskapelig navn
Nodaviridae
Venstre
NCBI  taksonomi: 12283
ViralZone ( ExPASy , SIB): 47
ICTV taxon historie: 201903923

Nodaviradae er navnet på en familie, ikke-innhyllet enkeltstrenget RNA - virus med positiv polaritet . Både virveldyr og virvelløse dyr fungerersom naturlige verter . Sykdommer assosiert med virus i denne familien inkluderer viral encefalopati og retinopati hos fisk. Det er for tiden (fra mars 2021) i familien ni arter (arter)bekreftetav den internasjonale komiteen for taxonomi av virus (ICTV ), som er delt inn i to slekter .

etymologi

Familienavnet er avledet fra den japanske landsbyen Nodamura i Iwate Prefecture , hvor Nodamuravirus først ble isolert fra mygg av arten Culex tritaeniorhynchus [en] .

beskrivelse

konstruksjon

Tom kapsid fra GNNV (sett fra siden og tverrsnitt)
Skjema tegning av et virion av den Nodaviridae (sett fra siden og tverrsnitt). Modifisert i henhold til SIB ViralZone.
Trimer av kapsidproteinet (CP) av Nodamuravirus

Viruset er ikke innhyllet og har et ikosahedrisk kapsid ( trianguleringsnummer T = 3) med en diameter på 29 til 35  nm . Kapsiden består av 32 capsomerer .

Genom

Genomskart over Nodaviridae
Genome Flock House virus og funksjonelt kart over replikasen - protein A.
Genomskart over " Macrobrachium rosenbergii nodavirus " (MrNV)

Den genomet er segmentert: den består av to segmenter, slik at det er todelt. Begge segmentene er lineært enkeltstrenget RNA med positiv polaritet . Lengden er 3,1  kb (kilobaser) for segment RNA1 og 1,4 kb for RNA2. Den 5 'ende har en metylert hetten , den 3'-enden er ikke polyadenylert .

RNA1 koder for et protein som har flere funksjonelle domener:

  1. mitokondriell målretting (en slags adresseetikett)
  2. Transmembran domene (skal overføres gjennom membranen til mitokondriene)
  3. RNA-avhengig RNA-polymerase (RdRp)
  4. et selvinteraktivt domene ( engelsk selvinteraksjonsdomene )
  5. RNA capping (RNA protection domain)

I tillegg koder RNA1 med ORF  1b for et subgenomisk RNA3 (lengde 0,4 kb) som koder for protein B2, en RNA-dempingsinhibitor.

RNA2 koder for en viral kapsidproteinforløper kalt protein α. Denne forløperen er viruset under samlingen på et konservert Asn / Ala- underoverskrift i to modne proteiner, β-proteinet (38  kDa - kilodalton) og γ-proteinet (5 kDa) kuttet ( automatisk spaltet ).

Reproduktiv syklus

Virusreplikasjon finner sted i cytoplasma . Inngang i vertscellen skjer gjennom penetrasjon. Replikasjonen følger modellen med positiv polaritet for enkeltstrengede RNA-virus.

Vertebrater og virvelløse dyr fungerer som naturlige verter . Viruspartiklene overføres gjennom kontakt og forurensning.

patologi

Vakuoler i netthinnen til en australsk abborelarve ( Percalates novemaculeata ) infisert med Bettanodavirus (NNV ).

Tegn på viral nervenekrose forårsaket av virus av slekten Bettanodavirus inkluderer: unormal oppførsel som sløvhet, anoreksi , spiralsvømming og endringer i pigmentering. Dødeligheten til de berørte befolkningene kan være opptil 100%. Mikroskopiske lesjoner er for det meste lokalisert i hjernen, netthinnen og ryggmargen, hvor nekrose i nevronene og de runde tomme rom som kalles vakuoler ofte er forbundet med sykdommen.

Systematikk

Medlemmene av slekten Alphanodavirus var opprinnelig isolert fra insekter , mens de fra slekten Betanodavirus ble isolert fra fisk . Imidlertid ser det ut til at et lite antall Nodoviridae er utenfor en av disse to kladene. The Flock Hus Virus (FHV) er nå den best studerte medlem av familien, men nodamuravirus forblir den typen arter i slekten Alphanodavirus . Ifølge ICTV er familien sammensatt som følger (supplert med noen forslag fra NCBI):

Fargelegges røntgen diffraksjonsmønsteret for en Nodamuravirus - partikkel

Familie: Nodaviridae

  • Slekt: Alphanodavirus
  • Stamme : Drosophila melanogaster American nodavirus (ANV) SW-2009a
  • Arter: Nodamura-virus , de: Nodamuravirus (NoV, type)
  • Arter: Pariacoto-virus , de: Pariacotovirus (PaV)
  • Arter: " Alphanodavirus HB-2007 / CHN " (forslag)
  • Arter: " Newington virus ", no: " Newingtonvirus " (NeV, forslag)
EM bilder av virioner av den havabbor nervøs nekrosevirus (GNNV)
  • Slekt: Betanodavirus (alias Nervous necrosis virus , NNV)
  • Arter Barfin flyndre nervøs nekrose virus (BFNNV)
  • Arter Redspotted grouper nervøs nekrose virus (alias Grouper nervøs nekrose virus ) de: Grouper nervøs nekrose virus (RGNNV eller GNNV)
  • Arter: Striped jack nervøs nekrose virus (SJNNV, type)
  • Arter: Tiger puffer nervøs nekrose virus (TPNNV)
  • for foreslåtte arter se NCBI
  • uten kategoritildeling

Individuelle bevis

  1. ↑ a b c d e ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1 , Ny MSL inkludert alle taxaoppdateringer siden 2018b-utgivelsen, mars 2020 (MSL # 35)
  2. ↑ A. S. Sahul hameed, A. S. Ninawe, T. Nakai, S. C. Chi, K. L. Johnson, Consortium ICTV Reporter: ICTV Virus Taxonomy profil: Nodaviridae. . I: The Journal of General Virology . 100, nr. 1, januar 2019, s. 3-4. doi : 10.1099 / jgv.0.001170 . PMID 30431412 .
  3. ↑ a b c d e f g h i ICTV Report Nodaviridae .
  4. ↑ a b c d e Viral Zone . Lyst.
  5. ↑ Misao Arimoto, Jun Sato, Keigo Maruyama, Gen Mimura, Iwao Furusawa: Effekt av kjemiske og fysiske behandlinger på inaktivering av stripete jack nervøs nekrose virus (SJNNV) . I: Havbruk . 143, nr. 1, 1996, s. 15-22. doi : 10.1016 / 0044-8486 (96) 01261-6 .
  6. ↑ SIB: Alphanodavirus . På: ViralZone .
  7. ↑ Nuruddin Unchwaniwala, Hong Zhan, Janice Pennington, Mark Horswill, Johan A. den Boon, Paul Ahlquist: Underdomene kryo-EM-struktur av nodaviralt replikasjonsprotein Et kronkompleks gir mekanistisk innsikt i RNA-genomreplikasjon . I: Proceedings of the National Academy of Sciences . 20. juli 2020, doi : 10.1073 / pnas.2006165117 , PMID 32690711 ( pnas.org [PDF]).
  8. ↑ NCBI: Flock House-virus (art)
  9. ↑ Batsal Devkota et al. : Strukturell og elektrostatisk karakterisering av pariacotavirus: implikasjoner for viral montering , i: Biopolymers 91 (7), juli 2009, s. 530-538, doi: 10.1002 / bip.21168
  10. ↑ NCBI: Alphanodavirus HB-2007 / CHN (art)
  11. ↑ NCBI: Newington-virus (art)
  12. ↑ SIB: Betanodavirus . På: ViralZone .
  13. ↑ Charlotte Axén, Niccolò Vendramin, Anna Toffan: Utbrudd av dødelighet assosiert med Acipenser Iridovirus European (AcIV-E) Detection in Siberian Sturgeon (Acipenser baerii) Oppdrettet i Sverige , i: MDPI Fishes 2018, bind 3, nr. 4, spesialutgave : Virussykdommer hos fisk og skalldyr, 42, 16. oktober 2018, doi: 10.3390 / fishes3040042
  14. ↑ NCBI: Uklassifisert Betanodavirus (liste)
  15. ↑ D. Qian et al. : Ekstra små viruslignende partikler (XSV) og nodavirus assosiert med hvitaktig muskelsykdom i den gigantiske ferskvanns reke, Macrobrachium rosenbergii . I: Journal of Fish Diseases. Volum 26, nr. 9, september 2003, s. 521-527, PMID 14575370 , doi: 10.1046 / j.1365-2761.2003.00486.x
  16. ↑ J. Widada, S. Widada, J. R. Bonami: Kjennetegn ved monocistronisk genomet av ekstra liten virus, en viruslignende partikkel forbundet med Kloreker rosenbergii nodavirus: mulig kandidat for en ny art av satellitt-virus . I: Journal of General Virology. Volum 85, nr. 3, mars 2004, s. 643-646, PMID 14993649 , doi: 10.1099 / vir.0.79777-0
  17. ↑ NCBI: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (art)
  18. ↑ SIB: Macronovirus . På: ViralZone .
  19. ↑ NCBI: Uklassifisert Nodaviridae (liste)

weblenker