Åpen leseramme

Som åpen leseramme (ORF) eller åpen leseramme (som oversettelse av engelsk . Åpen leseramme , ORF ) der genetikk er den regionen av DNA eller RNA ( viralt RNA eller mRNA ) refererer til leserammen mellom et startkodon og den første stoppkodonen er i samme leseramme . Den åpne leserammen koder potensielt for aminosyresekvensen til et peptid (kort sekvens) eller protein (lang sekvens). En alternativ definisjon er at en ORF starter og slutter ved stoppkodoner.

Skjematisk fremstilling av DNA med en ORF mellom start- og stoppkodon . Dette området blir vanligvis også oversatt etter transkripsjon . Dette proteinkodende området er vanligvis flankert av utranslaterte regioner (UTR), som også blir overskrevet i mRNA , men ikke oversatt . (UTR-er vises ikke i skjemaet)

Åpne leserammer er omgitt av ikke-kodende regioner i genet, 5 'UTR- regionen og 3' UTR- regionen (UTR for ikke-oversatt region ). Dette er regioner i et gen som transkriberes til mRNA under transkripsjon, men ikke koder for en aminosyresekvens under translasjon . Disse områdene inneholder også viktig informasjon for oversettelsen av den åpne leserammen.

Bakterielle mRNAs bærer ofte flere ORFer i en transkripsjonsenhet. I dette tilfellet kalles det en operon og mRNA kalles polycistronic .

I eukaryote gener blir ORF ofte avbrutt av introner som blir kuttet ut under prosessering av mRNA under spleising . Gjennom alternativ spleising av en rekke proteinvarianter er mulig.

ORFeom

Som ORFeom er definert som summen av alle åpne leserammer i et genom, eller den komplette ORF som mulig samling av cDNA - kloning av en organisme.

ELLER fans

ORFans er ORFer uten påvisbare homologer i andre linjer (se foreldreløse gen ). Uttrykket henviser til det engelske ordet foreldreløs for foreldreløs .

litteratur

  • Rolf Knippers: Molecular Genetics. 8. reviderte utgave. Georg Thieme Verlag, Stuttgart et al. 2001, ISBN 3-13-477008-3 .

Individuelle bevis

  1. ↑ Claverie, J.-M. (1997) Beregningsmetoder for identifisering av gener i virvelløse genomiske sekvenser. Nynne. Mol. Genet. 6 , 1735-1744.
  2. Sie P. Sieber, M. Platzer, S. Schuster (2018) Definisjonen av åpen leseramme revidert. Trender Genet. 34 , s. 167-170.
  3. ^ SV Rajagopala, N. Yamamoto, AE Zweifel, T. Nakamichi, HK Huang, JD Mendez-Rios, J. Franca-Koh, MP Boorgula, K. Fujita, K. Suzuki, JC Hu, BL Wanner, H. Mori, P. Uetz: Escherichia coli K-12 ORFeome: en ressurs for komparativ molekylær mikrobiologi. I: BMC genomics. Volum 11, august 2010, s. 470, doi : 10.1186 / 1471-2164-11-470 , PMID 20701780 , PMC 3091666 (fri fulltekst).
  4. ↑ The ORFeome Collaboration: et genom-skala menneske ORF-klone ressurs. I: Naturmetoder. Volum 13, nummer 3, mars 2016, s. 191-192, doi : 10.1038 / nmeth.3776 , PMID 26914201 .