Nukleinsyrenomenklatur

Som nukleinsyrenomenklatur i biokjemi og bioinformatikk er visse forkortelser angitt med henvisning til nukleinsyrer som DNA og RNA som er referert til av IUPAC . Følgende spesifikasjoner gjelder for nukleinsyrer:

orientering

Nukleosidmonofosfat (skjematisk struktur)

De grunnleggende byggesteinene i en nukleinsyre er nukleotidene . Dens sentrale element er ribose . Posisjonene i nukleinsyren er beskrevet i urviserens retning ved hjelp av karbonatomene i dette molekylet . Posisjonene er utpekt med det respektive nummeret og ' tegnet (uttalt dash , engelsk prime ). For eksempel, den hydroksylgruppen i 2'- stillingen av ribose skiller RNA fra DNA. Den deoksyribose har ikke en HO gruppe på 2 ' .

Siden hydroksylgruppen på 3 'av en nukleobase i en nukleinsyre er koblet til den neste fosfatgruppen , er polariteten og dermed også orienteringen av en DNA-streng eller en RNA-streng betegnet med 5' og 3 ' . For eksempel beveger polymeraser seg på antisense-strengen fra 3 'til 5' , også skrevet 3 '→ 5' . Andre enzymer (f.eks. Noen nukleaser ) beveger seg derimot 5 '→ 3' , dvs. fra 5'-enden mot 3'-enden. Sense-tråder blir skrevet ned 5 '→ 3', som tilsvarer leseretningen til ribosomene under oversettelse . Dette betyr at 5'-enden er foran og 3'-enden er bak . Antisense-tråder har motsatt retning 3 '→ 5' fra 3'-enden mot 5'-enden.

3 'og 5' ender brukes også til å identifisere orienteringen av gener : Sense-tråder tilsvarer positiv (+), antisense-tråder til negativ (-) polaritet .

Basesymboler

De fem nukleobasene av DNA og RNA forkortes med de første bokstavene. Ytterligere symboler for uspesifikke nukleobaser (to eller flere nukleobaser kan brukes alternativt) brukes hvis ingen klar tildeling kan gjøres i en sekvens.

Nukleobase symboler
symbol betydning beskrivelse
G G Guanine
EN. EN. Adenine
C. C. Cytosin
T T Tymin
U U Uracil
R. A eller G Pu r ine
Y C eller T P y rimidin
W. A eller T engl. w eak (svake) hydrogenbindinger
S. G eller C engl. s trong (sterke) hydrogenbindinger
M. A eller C En m inogruppe
K G eller T K etogruppe
H A, C eller T (U) ikke G, ( H følger G i alfabetet)
B. G, C eller T (U) ikke A, ( B følger A i alfabetet)
V G, A eller C ikke T (U), ( V følger U i alfabetet)
D. G, A eller T (U) ikke C, ( D følger C i alfabetet)
N G, A, C eller T (U) engl. a n y (alle nukleotider mulig)

weblenker