Orthornavirae

Orthornavirae
Med urviseren fra øverst til venstre: TEM- bilde av aviært koronavirus , poliovirus , bakteriofag Qβ , ebolavirus , tobakkmosaikkvirus , influensavirus A , rotavirus , vesikulær stomatittvirus . I sentrum: fylogenetisk tre
Systematikk
Klassifisering : Virus Rike : Riboviria Empire : Orthornavirae
Taksonomiske egenskaper
Genom : RNA Baltimore : Grupper 3, 4, 5
Vitenskapelig navn
Orthornavirae
Venstre
NCBI  taksonomi: 2732396 NCBI  referanse: 2732396 ICTV taxon historie: 201907198

Den Empire Orthornavirae omfatter alle virus som en RNA - genom og har en RNA-avhengig RNA-polymerase (RdRp) koding . Riket inkluderer dsRNA , (+) ss RNA og (-) ssRNA- virus fra riket Riboviria , som inneholder nesten alle RNA-virus. Dette tilsvarer gruppe 3, 4 og 5 i den tradisjonelle Baltimore-klassifiseringen . Navnet på takson er avledet fra det greske ὀρθός Orthos , tysk 'rett' , så vel som RNA for den type genomet og suffikset -virae for en sfære av virus.

Systematikk

Kongeriket Orthornavirae inneholder for tiden (midten av juni 2021) fem phyla , pluss to familier og en slekt incertae sedis .

Empire Orthornavirae

• Phylum Duplornaviricota med den eneste klassen Chrymotiviricetes , dette med bare bestille Ghabrivirales . I dette:

• Familie Chrysoviridae
• Familie Megabirnaviridae
• Familie Quadriviridae
• Familie Totiviridae

• phylum Kitrinoviricota

• Klasse Alsuviricetes

• Bestill Hepelivirales et al. med familien Hepeviridae
• Bestill martellivirales
• Bestill tymovirales

• Klasse Flasuviricetes med den eneste ordren Amarillovirales , dette med den eneste familien Flaviviridae
• Klasse Magsaviricetes med den eneste ordren Nodamuvirales . I dette:

• Familie Nodaviridae
• Familie Sinhaliviridae

• Klasse Tolucaviricetes med den eneste ordren Tolivirales . I dette:

• Familie Carmotetraviridae
• Familie Tombusviridae

• Phylum lenarviricota et al. med fager MS2 og Qβ
• Phylum negarnaviricota et al. med influensavirusene
• phylum pisuviricota

• Klasse duplopiviriketter med den eneste ordren Durnavirales . I dette:

• Familie Amalgaviridae
• Familie Curvulaviridae
• Familie Hypoviridae
• Familie Partitiviridae
• Familie Picobirnaviridae

• Klasse Pisoniviricetes

• Bestill Nidovirales et al. med familien Coronaviridae
• Bestill picornavirales
• Bestill Sobelivirales et al. med familien Barnaviridae

• uten oppdrag til et fylum eller en klasse ( Incertae sedis ):

• Familie Birnaviridae
• Familie Permutotetraviridae
• uten oppdrag til en familie:

• Slekt botybirnavirus

Forenklet kladogram i henhold til Wolf et al (2018):

En detaljert fremstilling er gitt i følgende grafikk:

Fylogenetisk tre med forgreningspyla av Negarnaviricota (gren 5, brun), Duplornaviricota (gren 4, grønn), Kitrinoviricota (gren 3, rosa), Pisuviricota (gren 2, blå) og Lenarviricota (gren 1, gul)

utvikling

Det antas at Orthornavirae RNA-virusene har sitt utspring i RNA-verdenen eller i protobionter før forfedren til alle dagens mobilorganismer ( bakterier , archaea og eukaryoter ). Den Lenarviricota mangler de kapsider - med unntak av noen Leviviruses (rekkefølge Levivirales ). I tillegg har disse de mest divergerende proteinene sammenlignet med de andre Orthornavirae- virusene , så de kan være opprinnelsen til de fleste av de mobile genetiske elementene (MGEer) som finnes i cellulære organismer og DNA-virus . De fleste prokaryote- infiserende RNA-virus (RNA- fager ) kunne ha blitt utryddet i løpet av millioner av år eller har hoppet til eukaryoter, hvor de fant gode forhold for replikasjonen, for eksempel i nærvær av den eukaryote cytosolen . Motsatt hadde prokaryoter i løpet av denne tiden utviklet forsvarsmekanismer (som CRISPR ) som gjorde det umulig for de fleste RNA-virus å replikere i dem.

litteratur

• Nuruddin Unchwaniwala, Hong Zhan, Janice Pennington, Mark Horswill, Johan A. den Boon, Paul Ahlquist: Underdomene kryo-EM-struktur av nodaviralt replikasjonsprotein Et kronkompleks gir mekanistisk innsikt i RNA-genomreplikasjon . I: Proceedings of the National Academy of Sciences . 20. juli 2020, doi : 10.1073 / pnas.2006165117 , PMID 32690711 ( pnas.org [PDF]). 

weblenker

• Advanced Cryo-EM avslører viral RNA-replikeringskompleksstruktur i "Game-Changing" -detalj, på: SciTechDaily 2. august 2020, Kilde: Morgridge Institute for Research

Individuelle bevis

1. ↑ ICTV Master Species List 2018b.v2 . MSL # 34, mars 2019.
2. ↑ ^{a b} ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1 , Ny MSL inkludert alle taxaoppdateringer siden 2019-utgivelsen, mars 2021 (MSL # 36)
3. ↑ ^{a b} Virus Taxonomy: 2019 Release. International Committee on Taxonomy of Virus (ICTV), åpnet 25. april 2020 . 
4. ↑ Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH: Proposal: Create a megataxonomic framework, fyll alle viktigste taksonomiske ranger, for riket Riboviria ( engelsk ) Hentet 21. mai 2020.
5. ↑ Opprinnelse og utvikling av det globale RNA-viromet . I: Yuri I. Wolf, Darius Kazlauskas, Jaime Iranzo, Adriana Lucía-Sanz, Jens H. Kuhn, Mart Krupovic, Valerian V. Dolja, Eugene V. Koonin (red.): MBio . teip 9 , nr. 6 , 27. november 2018, ISSN  2150-7511 , doi : 10.1128 / mBio.02329-18 , PMID 30482837 . 
6. ↑ også kalt siste universell felles stamfar (LUGA), engelsk siste universell felles stamfar, LUCA
7. ↑ Valerian V. Dolja, Eugene V. Koonin: kapsid-Less RNA virus . I: Encyclopedia of Life Sciences . American Cancer Society, 2012, ISBN 978-0-470-01590-2 , doi : 10.1002 / 9780470015902.a0023269 . 
8. ^ Eugene V Koonin, Valerian V Dolja: Et virosentrisk perspektiv på livets utvikling . I: Current Opinion in Virology . teip 3 , nei. 5. oktober 2013, ISSN  1879-6257 , s. 546-557 , doi : 10.1016 / j.coviro.2013.06.008 . 
9. ↑ Eugene V. Koonin, Valerian V. Dolja: Virusverden som et evolusjonært nettverk av virus og kapsidløse egoistiske elementer . I: Microbiology and Molecular Biology Reviews: MMBR . teip 78 , nr. 2. juni 2014, ISSN  1092-2172 , s. 278-303 , doi : 10.1128 / MMBR.00049-13 , PMID 24847023 , PMC 4054253 (fri fulltekst).