Marnaviridae

Marnaviridae
F73-01-9780123846846.png-550x0 (R) .png

EM opptak av partikler av den
Hetero akashiwo RNA-virus
(HaRNAV). 50 nm skala.

Systematikk
Klassifisering : Virus
Rike : Riboviria
Empire : Orthornavirae
Phylum : Pisuviricota
Klasse : Pisoniviricetes
Bestilling : Picornavirales
Familie : Marnaviridae
Taksonomiske egenskaper
Genom : (+) ssRNA lineær
Baltimore : Gruppe 4
Symmetri : icosahedral
Deksel : Nei
Vitenskapelig navn
Marnaviridae
Venstre
NCBI  taksonomi: 324901
ViralZone ( ExPASy , SIB): 170
ICTV taxon historie: 201901949

Marnaviridae er navnet til en familie av positive enkelt- trådede RNA- virus i rekkefølge Picornavirales . Den første typen (arten) av denne familien, den isolerte var (og derfor representerer arten av familien), hetero Sigma akashiwo RNA-virus (HaRNAV) i slekten Marnavirus som det giftige, blomsterdannende Raphidophyten -Alge hetero Sigma akashiwo [s] infisert. På grunnlag av DNA-sekvensering ble ytterligere tjue marine RNA-virusarter lagt til familien, delt inn i seks slekter .

HaRNAV var ute av vannet i Strait of Georgia i British Columbia isolert (Canada), fra en konsentrert virussamling med verten Straight Sigma akashiwo (NEPCC 522). HaRNAV skal ikke forveksles med andre virus som infiserer denne verten, for eksempel. B. dsDNA-viruset Heterosigma akashiwo virus 01 (HaV-1, med isolat HaV53) fra slekten Raphidovirus eller " Heterosigma akashiwo Nuclear Inclusion Virus " (HaNIV, forslag ,? Genus Protobacilladnavirus ).

beskrivelse

H. akashiwo av linjen [s] CCMP 452
Skjema tegning av H. akashiwo
Genomskart over Marnaviridae .
Modifisert i henhold til ViralZone.
Skjema tegning av en virion av familien Marnaviridae , tverrsnitt og sidevisning .
Chaetoceros tenuissimus RNA-virus 01 , slekten Bacillarnavirus : MCPene er farget i grønt, magenta og cyan og mCP i gult.

Virusene fra Marnaviridae er ikke innhyllet og har icosahedral geometri med et trianguleringsnummer T = pseudo3 . Diameteren er omtrent 25  nm . Genomet er lineært og monopartitt (ikke segmentert), med en lengde på ca. 8,6  kb (kilobaser). Kapsidet består av tre hoved kapsidproteiner ( store kapsidproteiner , MCP: VP1, VP2, VP3), hver med en gelé rull fold , og en mindre kapsidprotein ( moll-kapsidproteiner , MCP), som ligger på innsiden av capsid er plassert ved polene på den femfoldige aksen.

Reproduktiv syklus

Den replikering følger den vanlige ordningen for (+) ssRNA-virus ( positivt trådet RNA-virusreplikasjon modell ). Den transkripsjon også følger den vanlige ordningen for (+) ssRNA-virus ( positivt trådet RNA-virus transkripsjon ). De nylig dannede viruspartikler forlater vertscelle ved tubulus-styrt virus bevegelse (no. Tubulus-styrt viral bevegelse ).

Heterosigma akashiwo [en] ( Raphidophyceae ) fungerer som den naturlige verten for det eneste velkjente medlemmet HaRNAV av familien Marnaviridae . Det antas at de andre representantene også infiserer marine fytoplankton .

Systematikk

Systematikken til Marnaviridae er som følger i følge ICTV fra begynnelsen av april 2021:

Bestilling: picornavirales

  • Familie: Marnaviridae
  • Arter: Chaetoceros socialis forma radians RNA-virus 1
  • Arter: Chaetoceros tenuissimus RNA-virus 01 (CtenRNAV)
  • Arter: Rhizosolenia setigera RNA-virus 01
  • Arter: Astarnavirus med Asterionellopsis glacialis RNA-virus
  • Arter: Aurantiochytrium enkeltstrenget RNA-virus 01
  • Arter: Jericarnavirus B
  • Arter: Sanfarnavirus 1
  • Arter: Sanfarnavirus 2
  • Arter: Sanfarnavirus 3
  • Slekt: Marnavirus (en bekreftet art, flere foreslått)
  • Arter: Heterosigma akashiwo RNA-virus (HaRNAV) med isolat SOG263
  • Arter: " Forsythia suspensa marnavirus "
  • Arter: " Kummerowia striata marnavirus "
  • Arter: " Lactuca sativa marnavirus "
  • Arter: " Lindernia crustacea marnavirus "
  • Arter: " Trichosanthes kirilowii marnavirus "
  • Arter: " Zehneria japonica marnavirus "
  • Arter: Britarnavirus 1
  • Arter: Britarnavirus 4
  • Arter: Palmarnavirus 128
  • Arter: Palmarnavirus 473
  • Arter: Britarnavirus 2
  • Arter: Britarnavirus 3
  • Arter: Chaetarnavirus 2
  • Arter: Chaetenuissarnavirus II
  • Arter: Jericarnavirus A
  • Arter: Palmarnavirus 156

Individuelle bevis

  1. ↑ a b c d e ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1 , Ny MSL inkludert alle taxaoppdateringer siden 2018b-utgivelsen, mars 2020 (MSL # 35)
  2. ↑ Marnaviridae - Positive Sense RNA Virus - Positive Sense RNA Virus (2011) - International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) ( en ) Hentet 27. april 2017.
  3. ↑ ICTV: Virus Taxonomy: 2014 Release . Hentet 15. juni 2015.
  4. ↑ AS Lang, AI Culley, CA Suttle: Genomsekvens og karakterisering av et virus (HaRNAV) relatert til picorna-lignende virus som infiserer den marine giftige blomstrende algen Heterosigma akashiwo . I: Virologi . 320, nr. 2, 2004, s. 206-217. doi : 10.1016 / j.virol.2003.10.015 . PMID 15016544 .
  5. Vl M. Vlok, A. S. Lang, C. A. Suttle: Anvendelse av en sekvensbasert taksonomisk klassifiseringsmetode på ukulturerte og ikke-klassifiserte marine enkeltstrengede RNA-virus i rekkefølgen Picornavirales . I: Virusutvikling . 31; 5 (2): vez056, 2019. doi : 10.1093 / ve / vez056 . PMID 31908848 .
  6. ↑ Vera Tai, Janice E. Lawrence, Andrew S. Lang, Amy M. Chan, Alexander I. Culley, Curtis A. Suttle: Karakterisering av HaRNAV, et enkelt-trådet RNA-virus som forårsaker lyse av Hetero akashiwo (Raphidophyceae) . I: Journal of Phycology . 39, nr. 2, 28. mars 2003, s. 206-217. doi : 10.1046 / j.1529-8817.2003.01162.x .
  7. ↑ Janice E. Lawrence, Amy M. Chan, Curtis A. Suttle: A novel virus (HaNIV) forårsaker lysering av de toksiske blomst dannende alge Hetero akashiwo (Raphidophyceae) . I: Journal of Phycology . 37, nr. 2, 1. mai 2002, s. 216-222. doi : 10.1046 / j.1529-8817.2001.037002216.x .
  8. ^ Y. Bettarel, J. Kan, K. Wang, Kurt E. Williamson, S. Cooney, S. Ribblett, F. Chen, K. Wommack, D. Coats: Isolasjon og foreløpig karakterisering av et lite atominneslutningsvirus som infiserer diatom Chaetoceros jf. gracilis , om: Semantic Scholar - Biology - Aquatic Microbial Ecology, Corpus ID: 56157535, 2005, doi: 10.3354 / AME040103 . "Chaetoceros nuklear inklusjonsvirus: CspNIV", "CspNIV viser noen sterke likheter med Heterosigma akashiwo nuklear inklusjonsvirus (HaNIV)"
  9. ↑ Keizo Nagasaki: Dinoflagellater, kiselalger og deres virus , i: The Journal of Microbiology 46 (3), juli 2008, s. 235-243, doi: 10.1007 / s12275-008-0098-y . "CspNIV viser noen sterke likheter med Heterosigma akashiwo nukleær inkluderingsvirus (HaNIV)"
  10. ↑ Stephanie Boone: Virus og alger , februar 2004
  11. ↑ a b c d e Viral Zone . EXPASy.
  12. Mun Anna Munke, Kei Kimura, Yuji Tomaru, Kenta Okamoto: Capsid Structure of a Marine Algal Virus of the Order . I: Journal of Virology . 94, nr. 9, 16. april 2020. doi : 10.1128 / JVI.01855-19 .
  13. ↑ NCBI: Marnavirus (slekt)
  14. ↑ NCBI: Heterosigma akashiwo RNA-virus SOG263
  15. ↑ UniProt: UniProt: Proteomer - Heterosigma akashiwo RNA-virus (stamme SOG263)

weblenker