Picornavirales

Picornavirales
Illustrasjon av Rhinovirus 16, Picornaviridae : Enterovirus
Systematikk
Klassifisering : Virus Rike : Riboviria Empire : Orthornavirae Phylum : Pisuviricota Klasse : Pisoniviricetes Bestilling : Picornavirales
Taksonomiske egenskaper
Genom : (+) ssRNA lineær Baltimore : Gruppe 4 Symmetri : icosahedral Deksel : Nei
Vitenskapelig navn
Picornavirales
Venstre
NCBI  taksonomi: 464095 ICTV taxon historie: 201901910

Picornavirales er en rekkefølge av virus som, etter forslag fra 2007, har blitt vedtattav Official Board for Virus Taxonomy (ICTV)siden 2009 for taksonomisk klassifisering. Inntil da snakket de om en supergruppe fra picornavirus for å vise det nære forholdet. De Picornavirales kombinere forskjellige familier og slekter sominneholder ikke-omhyllede virus med en enkelt-trådet RNA med positiv polaritet , og i hvilken anordningen av gener og fylogenetiske analyse av det virale RNA-polymerase og helikase viser et nært forhold. Alle representanter for ordren har bare en åpen leseramme som koder for et polyprotein . Innenfor rekkefølgen har viruspartiklene (virionene) i de forskjellige virusgruppene også en jevn kapsidstruktur med en pseudo (T = 3) symmetri .

Systematikk

Internt system

Bestillingen Picornavirales inkluderer følgende virusfamilier:

• Family Caliciviridae (overført til ICTV Master Species List # 35)
• Familie Dicistroviridae
• Familie Iflaviridae
• Familie Marnaviridae

• Slekten Bacillarnavirus
• Slekt Kusarnavirus
• Slekt Labyrnavirus
• Slekten Locarnavirus

• Arter Jericarnavirus B (type) med stamme Marine RNA-virus JP-B

• Slekt Marnavirus

• Arter Heterosigma akashiwo RNA-virus (HaRNAV, type) - må skilles fra arten Heterosigma akashiwo virus 01 (HaV01 / HaV-1) med subtype Hav53

• Slekten Salisharnavirus
• Slekt Sogarnavirus

• Familie Picornaviridae
• Polycipiviridae familie

• Slekt Chipolycivirus
• Slekt Hupolycivirus
• Slekt Sopolycivirus

• Familie Secoviridae

• Underfamilie Comovirinae (tidligere familier Comoviridae )

• Slekt Comovirus

• Arter Radise mosaic virus , English Radish mosaic virus

• Slekt Fabavirus
• Slekt nepovirus

• Arter: Arabis mosaic virus , English Arabis mosaic virus

• uten tildelt underfamilie:

• Slekt Cheravirus
• Slekt Sadwavirus
• Slekt Sequivirus
• Slekt Torradovirus
• Slekt Waikavirus
• uten tildelt slekt:

• Arter Strawberry latent ringspot virus (se fersken §Sykdommer )

• Familie Solinviviridae

• Invictavirus- slekten
• Slekt Nyfulvavirus

• uten tildelt familie:

• Slekten " Posavirus " (alias " Svin avføring-assosiert RNA-virus ")

• Arter " Posavirus 1 "
• Arter " Posavirus 2 "
• Arter " Posavirus 3 "
• Arter " Posavirus 4 "
• Arter " Posavirus 12 "
• (flere andre stammer) ...

• Slekten " Husavirus " (alias " Human avføring-assosierte RNA-virus ")

• Arter " Husa-lignende virus KS-2016a "
• Arter " Husavirus ACS160 "
• Arter " Husavirus ACS178 "
• Arter " Husavirus ACS200 "
• Arter " Husavirus VSAD "
• Arter " Husavirus XZ110_XZ_CHN_2017 "
• Arter " Husavirus XZ111_XZ_CHN_2017 "
• Arter " Husavirus XZ112_XZ_CHN_2017 "
• Arter " Husavirus XZ114_XZ_CHN_2017 "
• Arter " Husavirus XZ115_XZ_CHN_2017 "
• Arter " Husavirus XZ93_XZ_CHN_2017 "
• Arter " Husavirus XZ97_XZ_CHN_2017 "
• Arter " Husavirus XZ98_XZ_CHN_2017 "
• Arter " Husavirus XZ99_XZ_CHN_2017 "

• Klade ? "Picornavirales Tottori"

• Arter " Picornavirales Tottori-HG1 "
• Arter " Picornavirales Tottori-HG2 "
• Arter " Picornavirales Tottori-HG3 "
• Arter " Picornavirales Tottori-HG4 "

Eksternt system

I 2015 Koonin et al tilordnet de picornavirales taksonomisk (på grunn av sitt forhold) sammen med en rekke andre virusfamilier til supergruppe "Picornavirus-lignende superfamilie" postulert av dem. I følge forfatterne er slektstreet til denne supergruppen som følger:

Medlemmene av denne antatte supergruppen tilhører forskjellige grupper av Baltimore-klassifiseringen , vanligvis er de enkeltstrengede RNA-virus med positiv polaritet ((+) ssRNA, Baltimore-gruppe 4), men det er også - som Totiviridae og Hypoviridae - mange doble -trådte representanter (merket med dsRNA, Baltimore gruppe 3) å bli funnet.

ICTV Master Species List # 35

Med den nye listen over mesterarter av ICTV, ratifisert i mars 2020, vises følgende bilde:

Av Kitrinoviricota er bare Luteoviridae nevnt ovenfor oppført, andre phyla av Orthornavirae blir ikke vurdert her. Den "Picornavirus-lignende superfamilien" sammenfaller i det vesentlige med de to filene Pisuviricota og Duplornaviricota i Orthornavirae (som inneholder andre phyla).

litteratur

• P. Christian, C.M. Fauquet, et al. : Taksonomisk forslag til ICTVs eksekutivkomité , 17. oktober 2007 (fullteksttilgang)
• O. Le Gall, P. Christian et al. : Picornavirales, en foreslått rekkefølge av positive-sense enkelstrengede RNA-virus med en pseudo-T = 3 virion-arkitektur . Arch Virol. (2008) 153 (4): s. 715-727 PMID 18293057
• H. Sanfaçon, J. Wellink et al. : Secoviridae: en foreslått familie av plantevirus i rekkefølgen Picornavirales som kombinerer familiene Sequiviridae og Comoviridae, de ikke tildelte slektene Cheravirus og Sadwavirus, og den foreslåtte slekten Torradovirus . Arch Virol. (2009) 154 (5): s. 899-907 PMID 19350366
• AN Lukashev: Rekombinasjonens rolle i evolusjonen av enterovirus . Rev Med Virol. (2005) 15 (3): s. 157-167 (gjennomgang) PMID 15578739

Individuelle bevis

1. ↑ ICTV Master Species List 2018b v1 MSL # 34, feb.2019
2. ↑ ^{a b} ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1 , Ny MSL inkludert alle taxaoppdateringer siden 2018b-utgivelsen, mars 2020 (MSL # 35)
3. ↑ ^{a b c d} ICTV: ICTV taksonomihistorie: Enterovirus C , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
4. TV ICTV: ICTV taksonomihistorie: Kanin hemorragisk sykdomsvirus , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
5. ↑ SIB: Marnaviridae , på: ViralZone
6. ↑ NCBI: Jericarnavirus B (art)
7. ↑ Alexander L. Greninger, Joseph L. DeRisi: Utkast til genom-sekvenser av marine RNA-virus SF-1, SF-2 og SF-3 Gjenopprettet fra San Francisco avløpsvann , i: Genome Announcement. 3 (3), mai-juni 2015, Epub 18. juni 2015, e00653-15 doi: 10.1128 / genom A.00653-15 , PMC 4472900 (fri fulltekst), PMID 26089423
8. ↑ NCBI: Heterosigma akashiwo RNA-virus (art)
9. ↑ SIB: Cheravirus , på: ViralZone
10. ↑ SIB: Fabavirus , på: ViralZone
11. ↑ SIB: Nepovirus , på: ViralZone
12. ↑ SIB: Cheravirus , på: ViralZone
13. ↑ SIB: Sadwavirus , på: ViralZone
14. ↑ NCBI: Strawberry latent ringspot virus (art)
15. ↑ NCBI: Posavirus (slekt)
16. ↑ ^{a b c} Eda Altan, Kristen Aiemjoy, Tung G. Phan, Xutao Deng, Solomon Aragie, Zerihun Tadesse, Kelly E. Callahan, Jeremy Keenan, Eric Delwart: Enterisk virome av etiopiske barn som deltar i en intervensjonsforsøk med rent vann , i: Plos One, 16. august 2018, doi: 10.1371 / journal.pone.0202054
17. ↑ NCBI: Husavirus (slekt)
18. ↑ NCBI: Picornavirales Tottori (liste)
19. ↑ Siden denne gruppen (referert til av forfatterne engelsk superfamilie ) inneholder en ordre med picornavirales , må deres rang være høyere enn dette og skal ikke forstås som en superfamilie . Rangene høyere enn ordren ble ikke gitt av ICTV på tidspunktet for arbeidet.
20. ^ Eugene V. Koonin, Valerian V. Dolja, Mart Krupovic: Opprinnelse og evolusjon av virus av eukaryoter: Den ultimate modulariteten , i: Virologi fra mai 2015; 479-480. 2-25, Epub 12. mars 2015, PMC 5898234 (fulltekst), PMID 25771806
21. ↑ SIB: Hypoviridae , på: ViralZone
22. ↑ SIB: Astroviridae , på: ViralZone
23. ↑ SIB: Luteoviridae , på: ViralZone
24. ↑ SIB: Barnaviridae , på: ViralZone
25. ↑ SIB: Picobirnaviridae , på: ViralZone
26. ↑ SIB: Amalgaviridae , på: ViralZone
27. ↑ SIB: Partitiviridae , på: ViralZone
28. ↑ SIB: Megabirnaviridae , på: ViralZone
29. ↑ SIB: Chrysoviridae , på: ViralZone
30. ↑ SIB: Quadriviridae , på: ViralZone
31. ↑ ICTV: ICTV taksonomihistorie: Lily mottle virus , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
32. ↑ ICTV: ICTV-taksonomihistorie: Avastrovirus 1 , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
33. ↑ ICTV: ICTV-taksonomihistorie: Mushroom bacilliform virus , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
34. TV ICTV: ICTV taksonomihistorie: Allium cepa amalgavirus 1 , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
35. ↑ ICTV: ICTV-taksonomihistorie: Cryphonectria hypovirus 1 , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
36. ↑ ICTV: ICTV-taksonomihistorie: Beet cryptic virus 1 , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
37. TV ICTV: ICTV taksonomihistorie: Human picobirnavirus , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
38. ↑ ICTV: ICTV-taksonomihistorie: Amasya kirsebærsykdom assosiert chrysovirus , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
39. ↑ ICTV: ICTV-taksonomihistorie: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1 , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
40. ↑ ICTV: ICTV-taksonomihistorie: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
41. ↑ ICTV: ICTV-taksonomihistorie: Saccharomyces cerevisiae virus LA , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
42. ↑ ICTV: ICTV-taksonomihistorie: Bluetongue-virus , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
43. ↑ ICTV: ICTV-taksonomihistorie: Alfalfa enamovirus 1 , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)

weblenker

• Picornavirales (Institute for Animal Health, UK)
• Picornaviruses , leksikon for biologi på Spektrum.de