Nidoviraler

Nidoviraler
Koronavirus
Systematikk
Klassifisering : Virus Område : Riboviria Empire : Orthornavirae Phylum : Pisuviricota Klasse : Pisoniviricetes Bestilling : Nidoviraler
Taksonomiske egenskaper
Genom : (+) ssRNA lineær Baltimore : Gruppe 4 Symmetri : icosahedral eller spiralformet Deksel : tilgjengelig
Vitenskapelig navn
Nidoviraler
Venstre
NCBI  taksonomi: 76804 ICTV taxon historie: 201901821 ICTVdB Virus Kode : 03

Den orden Nidovirales omfatter fire familier av virus med en ikke-segmentert, enkeltrådet RNA genom av positiv polaritet . Navnet stammer fra det latinske nidus fra (Nest), som (Engl. De nestede  nestet ) messenger RNA av Nidovirales tallbestemmélse. De tre familiene til nidovirales skiller seg fra alle andre RNA-virus når det gjelder strukturen og funksjonen til viral replikase ( RNA-polymerase ). På grunnlag av strukturelle undersøkelser av disse replikasene ble det opprinnelig referert til som en " coronavirus-lignende superfamilie ". Dette er årsaken til at andre familier ellers ikke ble kombinert i en rekkefølge.
Representantene for Nidovirales forårsaker viktige infeksjoner hos pattedyr (spesielt Coronaviridae- familien ). Bare Roniviridae- familien finnes bare hos krepsdyr .

Genom

De nidovirales har forholdsvis store RNA genomer fra 13-16 kb ( Arterivirus ) til 28-31 kb ( Coronaviridae ). Denne underfamilien inkluderer også viruset med det hittil største kjente ikke-segmenterte RNA-genomet, mus hepatittvirus (MHV) med en størrelse på 31 526 nt . Det genomiske RNA av nidovirales er polyadenylert og har (med unntak av slekten Okavirus ) en dekselkonstruksjon ved sin 5 'ende . Strategien til nidovirales i transkripsjonen av virale mRNAer er typisk . De forskjellige transkripsjonene av minst en leseramme har samme polyA-ende, men forskjellige utgangspunkt, de er derfor polycistroniske ( nestede ) mRNAer.

Systematikk

I følge ICTV fra mars 2020 er nidovirales strukturert som følger:

• Bestill nidovirales

• Underordning Abnidovirineae

• Familie Abyssoviridae

• Underfamilien Tiamatvirinae

• Slekt Alphaabyssovirus

• Undergener : Aplyccavirus

• Familie Arteriviridae

• Underfamilien Crocarterivirinae

• Slekt muarterivirus

• Underfamilie Equarterivirinae

• Slekt Alphaarterivirus (tidligere art Alphaarterivirus equid alias Equartevirus with Equine arteritis virus)

• Underfamilie Heroarterivirinae

• Slekt Lambdaarterivirus (med arten Lambdaarterivirus afriporav inkludert afrikansk poset rotte arterivirus)

• Underfamilie Simarterivirinae (tidligere slekt Simartevirus )

• Slekt delta arterivirus

• Subgenus: Hedartevirus (med arter Deltaarterivirus hemfev inkl. Simian hemorragisk febervirus )

• Slekt epsilon arterivirus

• Undergener : Shearte-virus

• Arter Simian hemorragic fever virus (aka Epsilonarterivirus hemcep , SHEV)

• Slekt Etaarterivirus
• Slekt Iotaarterivirus

• Undergenus: Debiartevirus (med arten Iotaarterivirus debrazmo inkl. Debrazza's monkey arterivirus)
• Undergener : Kigiartevirus
• Undergener : Pedartevirus

• Slekt thetaarterivirus

• Undergenus : Caftartevirus
• Undergener : Mitartevirus

• Slekt Zetaarterivirus

• Underfamilie Variarterivirinae

• Slekt beta arterivirus

• Subgenus: Ampobartevirus

• Art PRRS-2 virus ( Betaarterivirus suid 2 )

• Undergener : Chibarte-virus
• Subgenus: Eurpobartevirus

• Arter PRRS-1-virus ( Betaarterivirus suid 1 )

• Slekt Gammaarterivirus (med arten Gammaarterivirus lacdeh med Lactate dehydrogenase-elevating virus)
• Slekt Nuarterivirus

• Underfamilie Zealarterivirinae (tidligere slekt Nesartevirus )

• Slekt kappa arterivirus

• Underfamilien ikke klassifisert

• Arter " Svineproduktivt og respiratorisk syndromvirus " (PRRSV, foreslått)
• Arter " Southwest bavian virus 1 " (foreslått)

På grunn av omorganiseringen av denne familien, eksisterer ikke de tidligere slektene Dipartevirus , Nesartevirus , Porartevirus og Simartevirus .

• Familie Cremegaviridae

• Underfamilie Rodepovirinae

• Slekten Pontunivirus

• Familie Gresnaviridae

• Underfamilie Reternivirinae

• Slekt Cyclophivirus

• Familie Olifoviridae

• Underfamilie Gofosavirinae

• Slekt kukrinivirus

• Underordning av Cornidovirineae

• Coronaviridae familie

• Underfamilie Letovirinae

• Slekten Alphaletovirus

• Subgenus: Milecovirus (med art: Microhyla letovirus 1 )

• Underfamilie Orthocoronavirinae

• Slekten Alphacoronavirus

• Undergener : Colacovirus
• Subgenus: Decacovirus
• Undergenus: Duvinacovirus (med arter Human coronavirus 229E )
• Undergener : Luchacovirus
• Undergener : Minacovirus
• Subgenus: Minunacovirus (med arter Bat coronavirus HKU8 )
• Subgenus: myotacovirus
• Subgenus: Nyctacovirus
• Subgenus: Pedacovirus (med arter Feline infeksiøs peritonitt virus )
• Undergener : Rhinacovirus
• Subgenus: Setracovirus (med arter Human coronavirus NL63 )
• Subgenus: Soracovirus
• Undergener : Sunacovirus
• Subgenus: Tegacovirus (med arter Porcine epidemic diarrhea virus )

• Slekt Betacoronavirus

• Subgenus: Embecovirus (med arter Human coronavirus HKU1 og Betacoronavirus 1 inkl. Human coronavirus OC43 )
• Undergener : Hibecovirus
• Subgenus: Merbecovirus (med arter MERS coronavirus )
• Undergener : Nobecovirus
• Subgenus: Sarbecovirus (med arter SARS-Coronavirus inkl. SARS-CoV-2 )

• Slekt gammacoronavirus

• Undergener : Brangacovirus
• Subgenus: Cegacovirus (med arter Beluga Whale coronavirus SW1 )
• Subgenus: Igacovirus (med arter avian coronavirus alias Avian infectious bronchitis virus )

• Slekt Delta coronavirus

• Undergenus: Andecovirus (med arten Wigeon coronavirus HKU20 )
• Under-slekt : Buldecovirus (inkludert tidligere under-slekt Moordecovirus - med arter Common moorhen coronavirus HKU21 og " Sparrow coronavirus HKU17 " - foreslått)
• Undergener : Herdecovirus

• Underordning Mesnidovirineae

• Familie medioniviridae

• Underfamilie Medionivirinae

• Slekt turrinivirus

• Subgenus: Beturrivirus (med arter Turrinivirus 1 inkludert Beihai Nido-lignende virus 1)

• Underfamilien Tunicanivirinae

• Slekt Bolenivirus

• Undergener : Balbicanovirus

• Familie Mesoniviridae

• Underfamilie Hexponivirinae

• Slekten Alphamesonivirus

• Undergener : Casualivirus
• Subgenus: Enselivirus (med arten Alphamesonivirus 8 inkl. Nse-virus)
• Undergener : Hanalivirus
• Undergener : Kadilivirus
• Undergener : karsalivirus
• Subgenus: Menolivirus (med arten Alphamesonivirus 9 inkl. Meno-virus)
• Subgenus: Namcalivirus (med arten Alphamesonivirus 1 inkl. Nam Dinh-virus)
• Undergener : Ofalivirus

• Underordning Monidovirineae

• Familie Mononiviridae

• Underfamilie Mononivirinae

• Slekten Alphamononivirus

• Undergener : Dumedivirus

• Underordning Nanidovirineae

• Familie Nanghoshaviridae

• Underfamilie Chimanivirinae

• Slekt Chimshavirus

• Familie Nanhypoviridae

• Underfamilie Hyporhamsavirinae

• Slekten Sajorini-viruset

• Underordner Ronidovirineae

• Familie Euroniviridae

• Underfamilie Ceronivirinae

• Slekt Charybnivirus

• Subgenus: Cradenivirus (med art Charybnivirus 1 inkludert Beihai Nido-lignende virus 2)
• Subgenus: Wenilivirus (med art Decronivirus 1 inkludert Wenling nido-lignende virus 1)

• uten kategoritildeling:

• Arter Wenzhou Nido-lignende virus 1

• Underfamilie Crustonivirinae

• Slekt Paguronivirus

• Subgenus: Behecravirus (med arten Paguronivirus 1 inkludert Beihai eremittkrepsvirus 4)

• Familie Roniviridae

• Underfamilien Okanivirinae

• Slekt Okavirus

• Undergenus: Tipravirus (med arten Okavirus 1 , Gill-assosiert virus og Yellow head virus )

• Underordnet Tornidovirineae

• Familie Tobaniviridae

• Underfamilie Piscanivirinae

• Slekt Bafinivirus (tidligere til Coronaviridae : Torovirinae )

• Undergenus: Blicbavirus (med arten Güster-Virus no. White bream virus )
• Subgenus: Pimfabavirus (med arter golden minnow nidovirus en. Fathead minnow nidovirus 1 )

• Slekt Oncotshavirus

• Subgenus: Salnivirus (med arten King Salmon Bafinivirus en. Chinook salmon nidovirus 1 )

• Underfamilien Remotovirinae

• Slekt bostovirus

• Undergener : Bosnitovirus

• Underfamilie Serpentovirinae

• Slekt infratovirus

• Subgenus: hepoptovirus
• Subgenus: Xintolivirus (med arter Infratovirus 1 inkl. Xinzhou toro-lignende virus)

• Slekt Lyctovirus

• Undergener : Rebatovirus

• Slekt Pregotovirus (inkl. Tidligere slekt Tiruvirus )

• Subgenus: Roypretovirus (med arter Ball python nidovirus 1 )
• Undergener : Snaturtovirus
• Undergener : Tilitovirus

• Slekt Sectovirus

• Subgenus: Sanematovirus (med art Sectovirus 1 inkl. Xinzhou nematodevirus 6)

• Underfamilie Torovirinae (tidligere Fam. Coronaviridae )

• Slekt torovirus

• Under slekt : Renitovirus (med arter Porcine torovirus og Bovine torovirus inkludert Breda virus)

• Underordning ikke klassifisert

• "ShiM-2016 Nido-lignende virus"

• Arter Hubei tetragnatha maxillosa virus 7
• Arter Wuhan insektvirus 19
• Arter Wuhan nido-lignende virus 1
• Arter Fuefuki-virus

I det følgende kladogrammet ifølge Mang Shi et al. (2016) navnene ble oppdatert i henhold til ICTV MSL # 35 (per mars 2020):

litteratur

• AMQ King, MJ Adams, EB Carstens, EJ Lefkowitz (Red.): Virustaksonomi. Niende rapport fra Den internasjonale komiteen for taxonomi av virus. Amsterdam 2012 ISBN 978-0-12-384684-6 , s. 785-795
• CM Fauquet, MA Mayo et al.: Åttende rapport fra den internasjonale komiteen for taxonomi av virus , London, San Diego, 2005
• David M. Knipe, Peter M. Howley, et al. (Red.): Fields 'Virology, 4. utgave, Philadelphia 2001

kilder

1. ↑ ICTV Master Species List 2018b v1 MSL # 34, feb.2019
2. ↑ ^{a b c d e} ICTV: ICTV Taxonomy history: Alvorlig akutt respiratorisk syndrom-relatert koronavirus , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
3. ↑ Snijder EJ, Spaan WJM: Den koronaviruslignende superfamilien . I: Sidell SG (red.): The Coronaviridae , Plenumpress, New York 1995
4. ↑ Referansesekvens for MHV-genomet
5. ↑ NCBI: Equine arteritis virus (ingen rang)
6. ↑ ^{a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v} Mang Shi, Xiabn-Dan Lin, Jun-Huia Tian et al. : Omdefinere RNA-virosfæren fra virvelløse dyr , i: Nature 540, s. 539-543, 23. november 2016, doi: 10.1038 / nature20167 , via ResearchGate (fulltekst), supplement (PDF)
7. ↑ NCBI: Afrikansk pottet rottearterivirus (ingen rang)
8. ↑ SIB: Simartevirus , på: ViralZone
9. ↑ NCBI: Simian hemorragisk feber-virus (ingen rang)
10. ↑ NCBI: DeBrazza's ape-arterivirus (ingen rang)
11. ↑ NCBI: Laktatdehydrogenase-løftende virus (ingen rang)
12. ↑ NCBI: [1] (art)
13. ↑ NCBI: Sørvest-bavianvirus 1 (art)
14. ↑ NCBI: Sparrow coronavirus HKU17 (art)
15. ↑ NCBI: Beihai Nido-lignende virus 2 (ingen rang)
16. ↑ NCBI: Wenling nido-lignende virus 1 (ingen rang)
17. ↑ NCBI: Wenzhou Nido-lignende virus 1 (art)
18. ↑ NCBI: Beihai Hermit Crab Virus 4 (ingen rang)
19. ↑ SIB: Roniviridae , på: ViralZone
20. ↑ SIB: Okavirus , på: ViralZone
21. ↑ NCBI: Gillassosiert virus (art)
22. ↑ ICTV: ICTV-taksonomihistorie: Gill-assosiert virus , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
23. ↑ ThermoFisher: Yellow head virus (YHV) , i: Tierkrankheiten - Aquacultur / Fisch
24. ↑ AR Ochoa-Meza et al. : Evaluering av et påvisningssystem av gulhodesykdomsvirus (YHV) ved bruk av Q-PCR , i: Archives of Biological Sciences 65 (4), s. 1629-1636, januar 2013, doi: 10.2298 / ABS1304629O
25. ↑ OIE: KAPITTEL 2.2.9. Infeksjon med gult hode-virus genotype 1 Infeksjon med gult hode-virus genotype 1 betyr infeksjon med det patogene agens gule hode-virus genotype 1 (YHV1) av slekten Okavirus og familie Roniviridae , i: Manual of Diagnostic Tests for Aquatic Animals, 19. august 2019
26. ↑ Cesar B. Nadala Jr et al. : Yellow-head virus: et rhabdovirus-lignende patogen av penaeid reker , i: Dis Aquat Org, bind 31, s. 141-146, 20. november 1997
27. ↑ Y. Lu et al. : Infeksjon av det gule hodet baculo-lignende viruset (YBV) i to arter av penaeid reker, Penaeus stylirostris (Stimpson) og Penaeus vannamei (Boone) , i: Journal of Fish Diseases, november 1994, doi: 10.1111 / j.1365- 2761.1994.tb00263.x (taksonomisk klassifisering tilsynelatende utdatert)
28. ↑ NCBI: Xinzhou toro-lignende virus (ingen rang)
29. ↑ NCBI: Xinzhou nematodevirus 6 (ingen rang)
30. ↑ NCBI: Breda-virus (ingen rang)
31. ↑ NCBI: Uklassifiserte RNA-virus ShiM-2016 (bare Nido-lignende kandidater)
32. ↑ NCBI: Hubei tetragnatha maxillosa virus 7 (art)
33. ↑ ^{a b c d e} Nathan C. Medd et al. : Viromet til Drosophila suzukii, et invasivt skadedyr av myk frukt , i: Virus Evolution Volume 4, No. 1, Academic Press January 2018, vey009, doi: 10.1093 / ve / vey009 , PrePrint
34. ↑ ^{a b c d e} Nathan C. Medd: Virusene og antivirale responsene til et invasivt fruktdyr, Drosophila suzukii , University of Edinburgh, Institute of Evolutionary Biology, 2018
35. ↑ NCBI: Wuhan insektvirus 19 (art)
36. ↑ NCBI: Wuhan nido-lignende virus 1 (art)
37. ↑ NCBI: Fuefuki-virus (art)

weblenker

• Nidovirales: familier, gener og arter (NCBI)