Nullomer

En nullomer ( koffert ord som består av 'null forekomst' og oligomer ) er et kort DNA-sekvens som ikke vises i genomet av en bestemt art , selv om det teoretisk ville være mulig. Funksjonen til disse "forbudte" sekvensene er fremdeles ukjent, de kan være giftige eller tjene til å identifisere og eliminere patogener .

kjennetegn

Nullomerer er, basert på de respektive artene, de korteste ikke-naturlig forekommende DNA-sekvensene. I bakterier er noen DNA-sekvenser giftige, f.eks. B. kodonet AGA, som koder for aminosyren arginin og nesten ikke brukes i bakterier (men CGA). Det er artsspesifikke forskjeller i bruk av kodoner . Videre kan noen GC-rike sekvenser tjene som sensorer for oksidativt stress , siden der en oksidasjon fører til et enkeltstrengsbrudd og aktivering av DNA-reparasjonen .

Sekvens av menneskelige nullomerer 11 basepar i lengden i det menneskelige genomet
Ingen forekomst CGCTCGACGTA, GTCCGAGCGTA, CGACGAACGGT, CCGATACGTCG
Unik forekomst TACGCGCGACA, CGCGACGCATA, TCGGTACGCTA, TCGCGACCGTA, CGATCGTGCGA, CGCGTATCGGT
Dobbel forekomst CGTCGCTCGAA, TCGCGCGAATA, TCGACGCGATA, ATCGTCGACGA, CTACGCGTCGA, CGTATACGCGA, CGATTACGCGA, CGATTCGGCGA, CGACGTACCGT, CGACGAACGAG, CGCGTAATACG, CGCGCTATACG
Trippel forekomst CGCGCATAATA, CGACGGCAGTA, CGAATCGCGTA, CGGTCGTACGA, GCGCGTACCGA, CGCGTAATCGA, CGTCGTTCGAC, CCGTCGAACGC, ACGCGCGATAT, CGAACGGTCGT, CGCGTAACGCG, CCCGATC
Tabell over antall og lengde på nullomerer i forskjellige typer
Kunst 10bp 11bp 12bp 13bp
Arabidopsis 107 23646 1167012 20237388
C elegans 2 7686 1152038 23339534
kylling 2 590 131515 4722702
sjimpanse 0 136 45938 2426474
ku 0 96 45060 2432554
hund 0 40 25217 1868964
Fruktflue 0 206 221616 12399300
Mann 0 80 39852 2232448
mus 0 178 54383 2625646
rotte 0 50 30708 1933220
Sebrafisk 0 2 15561 2469558

applikasjoner

Nullomerer brukes som markører og interne standarder i rettsmedisinske DNA-analyser , da det ikke er krysskontaminering fra naturlig DNA .

Individuelle bevis

  1. Ac C. Acquisti, G. Poste, D. Curtiss, S. Kumar: Nullomers: virkelig et spørsmål om naturlig utvalg? I: PloS en. Volum 2, nummer 10, 2007, s. E1022, ISSN  1932-6203 . doi : 10.1371 / journal.pone.0001022 . PMID 17925870 . PMC 1995752 (fri fulltekst).
  2. ↑ A. Alileche, J. Goswami, W. Bourland, M. Davis, G. Hampikian: nullomers avledede anticancer-peptider (NulloPs): differensial dødelige effekter på normale celler og kreftceller in vitro. I: Peptider. Volum 38, nummer 2, desember 2012, s. 302-311, ISSN  1873-5169 . doi : 10.1016 / j.peptides.2012.09.015 . PMID 23000474 .
  3. R LR Cruz-Vera, MA Magos-Castro, E. Zamora-Romo, G. Guarneros: Ribosom- stalling og peptidyl-tRNA drop-off under translasjonsforsinkelse ved AGA-kodoner. I: Nukleinsyrer forskning. Volum 32, nummer 15, 2004, s. 4462-4468, ISSN  1362-4962 . doi : 10.1093 / nar / gkh784 . PMID 15317870 . PMC 516057 (fri fulltekst).
  4. ↑ M. dos Reis, R. Savva, L. Wernisch: løse plottet av kodonbruken preferanser: en test for translatorisk valg. I: Nukleinsyrer forskning. Volum 32, nummer 17, 2004, s. 5036-5044, ISSN  1362-4962 . doi : 10.1093 / nar / gkh834 . PMID 15448185 . PMC 521650 (fulltekst).
  5. ^ Keith A. Friedman, Adam Heller: Om ikke-enhetlig distribusjon av guanin i introner av menneskelige gener: mulig beskyttelse av eksoner mot oksidasjon ved proksimal Intron Poly-G-sekvenser. I: The Journal of Physical Chemistry B. 105, 2001, s. 11859-11865, doi : 10.1021 / jp012043n .
  6. ↑ a b G. Hampikian, T. Andersen: Fraværende sekvenser: nullomerer og primtall. I: Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing. 2007, s. 355-366, ISSN  2335-6936 . PMID 17990505 .
  7. Hopp opp ↑ J. Goswami, MC Davis, T. Andersen, A. Alileche, G. Hampikian: Safeguarding forensic DNA reference samples with nullomer barcodes. I: Journal of rettsmedisin og juridisk medisin. Volum 20, nummer 5, juli 2013, s. 513-519, ISSN  1878-7487 . doi : 10.1016 / j.jflm.2013.02.003 . PMID 23756524 .