Neja Filipič fikk sin første internasjonale erfaring i 2016 på U23 Mediterranean Games i Tunis , der hun vant sølvmedaljen med en bredde på 6,20 m. Hun kvalifiserte seg også til EM i Amsterdam , der hun ble eliminert i den innledende runden med 6,24 m. Året etter kom hun på sjetteplass ved U23-EM i Bydgoszcz med 6,42 m. I 2018 deltok hun igjen i EM i Berlin , men klarte ikke å gjøre et gyldig forsøk på kvalifisering. I 2019 endte hun 21. på European Games i Minsk med 5,99 m og vant deretter sølvmedalje i trippelhopp bak portugisiske Evelise Veiga på sommeruniversiaden i Napoli med 13,73 m , etter at hun var den opprinnelige vinneren av Olha Korsun fra Ukraina var diskvalifisert for et dopingbrudd. I tillegg ble hun eliminert i lengdehopp med 6,11 m i kvalifiseringen. I 2021 vant hun sølvmedaljen i trippelhopp på Balkan Indoor Championships i Istanbul med et sett på 13,86 m og tok deretter åttendeplass ved European Indoor Championships i Toruń med 14,02 m. I slutten av juni vant hun Balkan-mesterskapet i Smederevo med et trippelhopp på 14,25 m.
I 2019 ble Filipič slovensk mester i lengdesprang utendørs og i 2020 og 2021 i trippelhopp. I hallen vant hun lengdesprang i 2019 og trippelhopp i 2020 og 2021.