Heikkinen dukket først opp internasjonalt på Junior-verdensmesterskapet 2002 i Schonach . Over distansen 10 kilometer fristil var han den beste finske deltakeren på åttendeplass (på sprinten var han bare 38). Han klarte å forbedre dette resultatet et år senere på Junior-verdensmesterskapet 2003 i Sollefteå over 10 km klassisk med ett sted, mens han ble 42. i fristilrennet over 30 kilometer. Dette gjorde ham i stand til å gjøre sin første jobb i langrenns-verdenscupen , hvor han ikke kunne overbevise med steder langt utenfor verdenscuppoengene. I sesongen 2004/05 lyktes han for første gang på 30 km fri i Ramsau med å oppnå et verdenscuppoeng. Likevel ble Heikkinen fortsatt sjelden brukt i verdenscupen. Først i sesongen 2007/08 slo han sitt gjennombrudd i verdenscupen. I hjembyen Lahti ble han niende i klassisk stil over avstanden på 15 km. På verdenscupfinalen i Bormio klarte han å bekrefte dette resultatet. I prologen over 3,3 km fristil kom han på 13. plass og klarte å sikre seg 14. plass i sammenheng med den raskeste tiden av alle deltakerne i den siste forfølgelseskonkurransen over 15 km fri.
Også i starten av 2008/09 sesongen var Heikkinen i troppen til det finske verdensmesterskapslaget og klarte å overbevise over 15 km fri med en 19. plass samt med det finske stafetten, der han var tredje løper. å overlevere til bunnløperen. På Tour de Ski 2008/09 kom han inn på 26. plass. Hans største suksess så langt var på Nordisk verdensmesterskap i ski i Liberec i 2009 . Heikkinen vant bronsemedaljen over 15 km i klassisk stil. En uke senere sikret han seg bronsemedaljen på stafetten sammen med Sami Jauhojärvi , Teemu Kattilakoski og Ville Nousiainen . Han tok også ellevte plass over 30 kilometer i skiathlon og 37. plass over 50 kilometer i fri teknikk. På slutten av sesongen kom han på 19. plass ved verdenscupfinalen i Falun og nådde 30. plass i det samlede verdensmesterskapet og 19. plass i distanse-verdenscupen. Etter tredjeplass over 15 km fri i Beitostølen i begynnelsen av sesongen 2009/10 , vant han sin første verdenscupseier i Davos over 15 km fri. Han avsluttet Tour de Ski 2009/10 på 12. plass. Han kom tre ganger på topp ti, inkludert tredjeplassen i forfølgelsesløpet i Oberhof . På sesongens høydepunkt, vinter-OL 2010 i Vancouver , endte han 39. over 15 km fri og femte på stafetten. På slutten av sesongen tok han 24. plass ved verdenscupfinalen i Falun og nådde 13. plass i det samlede verdenscupen og niendeplass i distanse-verdenscupen. Sesongen etter vant han Tour de Ski 2010/11 , som han avsluttet for tidlig, i forfølgelsesløpet i Oberstdorf . I februar 2011 feiret han sin største suksess så langt da han ble verdensmester over 15 km i klassisk stil på Nordisk verdensmesterskap i ski 2011 i Oslo . Han oppnådde også 18. plass i skiathlon og fjerde plass på stafetten. I mars 2011 endte han 21. på verdenscupfinalen i Falun og nådde 25. plass i det samlede verdenscupen og 18. plass i distanse-verdenscupen. Etter to topp ti plasseringer i begynnelsen av 2011/12 sesongen endte han på 24. plass i Tour de Ski 2011/12 . Han avsluttet sesongen på 44. plass i det samlede verdensmesterskapet. I begynnelsen av den påfølgende sesongen endte han 18. ved Nordic Opening i Kuusamo og nummer to på La Sgambeda . I januar 2013 ble han finsk mester i 15 km fristil. Hans beste resultater på Nordisk verdensmesterskap i ski 2013 i Fiemme Valley var 12. plass over 15 km fri og femteplass med stafett. Over 20 kilometer ble han 25. i den klassiske teknikken og 17. i skiathlon. I mars 2013 kom han på 18. plass i verdenscupfinalen i Falun og nådde 39. plass i det samlede verdensmesterskapet. I sesongen 2013/14 endte han 17. ved Nordic Opening i Kuusamo og niende plass i verdenscupfinalen i Falun. Hans beste resultater ved vinter-OL 2014 i Sotsji var 15. plass i 50 km massestartløp og sjetteplass i stafett. I mars 2014 ble han finsk mester over 10 km fri, og på slutten av sesongen endte han 28. i det samlede verdenscupen og 19. i distanse-verdenscupen. Etter sjuendeplass ved Nordic Opening på Lillehammer i begynnelsen av 2014/15 sesongen , vant han to seire på Scandinavian Cup i Östersund . Ved påfølgende verdensmesterskap i Ryybinsk vant han tredjeplassen i skiathlon. Ved det finske mesterskapet i Jämi og Ruka var han mester over 15 km fri og over 50 km fri. Hans beste plasseringer ved Nordisk verdensmesterskap i Ski i Falun 2015 var 16. i skiathlon og åttende i stafetten. Over 50 kilometer i den klassiske teknikken var han 20. og over 15 kilometer i den gratis teknikken nådde han 21. plass. Han endte sesongen på 20. plass i det samlede verdenscupen og 14. i distanse-verdenscupen.
Sesongen etter kom Heikkinen 18. i Tour de Ski 2016 . I januar 2016 ble han finsk mester over 15 km fri i Imatra, som året før. Han avsluttet Ski Tour Canada , som ble arrangert for første gang, på sjetteplass. Han ble nummer tre i skiathlon i Canmore og nummer to på siste etappe. I tillegg vant han 15 km fristil og endte på slutten av sesongen på 17. plass i sammenlagt og i distansen verdenscupen. Med det finske langrennstafetten var han fjerde bare ett sted etter edelt metall. I april 2016 vant han den klassiske 7,5 km klassikken på det finske mesterskapet i Taivalvaara og gullmedaljen i den påfølgende jakten.
Etter niendeplass over 15 km klassisk i Ruka ved første verdensmesterskap i sesongen 2016/17, ble han nummer tre på verdensmesterturneringen i Lillehammer . Han vant den siste jakten på 15 km klassisk. Ved påfølgende verdensmesterskap i Davos ble han nummer tre på 30 km fristil. Han avsluttet Tour de Ski 2016/17 på femteplass. Han oppnådde tredjeplassen i 15 km massestartløp i Fiemme-dalen og løp også den nest raskeste tiden på den siste etappen. I februar 2017 ble han nummer to over 15 km klassisk ved det finske mesterskapet i Keuruu . På sesongens høydepunkt under Nordisk verdensmesterskap i ski 2017 i Lahti vant han bronsemedaljen i 50 km massestartløp. Han kom også på 18. plass i skiathlon, 11. plass over 15 km klassisk og femteplass med stafett. På slutten av sesongen endte hun 24. i verdenscupfinalen i Québec og nådde femteplassen i det samlede verdensmesterskapet og tredjeplassen i distanse-verdenscupen. Hans beste plasseringer ved vinter-OL 2018 i Pyeongchang var tiendeplass over 15 km fri og fjerdeplass med stafett. I skiathlon var han 21. og i det siste 40-kilometerløpet i klassisk teknikk tok han 25.-plassen. På Nordisk verdensmesterskap i ski i 2019 i Seefeld i Tyrol løp han til 12. plass i skiathlon , 11. plass i 50 km massestartløp og fjerdeplass med stafett.