Den Gauliga Berlin-Brandenburg 1938-1939 var den sjette sesongen av Gauliga Berlin-Brandenburg i fotball. På slutten av sesongen sikret nykommeren Blau-Weiß 90 overraskende mesterskapstittelen for første gang foran de uavgjort Herthaners , som vant den direkte duellen mot Blau-Weiß, men til slutt hadde den dårligere målforskjellen. I den siste runden av det tyske mesterskapet hadde imidlertid Blau-Weiß 90 knapt en sjanse og ble eliminert etter gruppespillet.