FC Groningen ble grunnlagt 16. juni 1971 og kom fra GVAVs outsourcede profesjonelle fotballavdeling ( Groninger Voetbal en Atletiek Vereniging ). Klubben startet i Ehrendivision, men måtte rykket ned til Eerste Divisie tre år senere . I 1980 ble Groningen-mesterne i Eersten Divisie opprykket igjen. I sesongen 1983/84 ble den først spilt i europeisk Oosterpark. I UEFA-cupen ble Atlético Madrid først beseiret før de måtte innrømme tap for Inter Milan i andre runde . Totalt 24 kamper ble spilt i europeisk konkurranse. Sesongen 1990/91 , der de spilte om nasjonaltittel inntil fire spilledager før sesongslutt , regnes som den beste spilletiden for FC Groningen . Til syvende og sist var det bare nok til tredjeplassen.
Dette ble etterfulgt av en gradvis nedgang i sporten. I sesongen 1997/98 steg FC Groningen til Eerste Division etter 18 år med æresdivisjon . Mens Sparta Rotterdam måtte vike i det første året av andre divisjon , ble de opprykket igjen i 2000. I sesongene 2006/07 og 2007/08 kan du kvalifisere deg til UEFA Cup igjen.
3. mai 2015 feiret FC Groningen den første suksessen i klubbens historie da de vant den nederlandske fotballcupen med en 2-0-seier mot forsvarende mester PEC Zwolle . 27. juni 2020 kunngjorde klubben at Arjen Robben ville komme tilbake til ungdomsklubben sin for sesongen 2020/21 .