4. september 2006 tildelte den afrikanske foreningen Confédération Africaine de Football (CAF) Africa Cup 2014 til Libya . Libya ville vært vertskap for en Africa Cup for andre gang siden 1982. I mai 2010 bestemte CAF seg for å bare holde Africa Cup i ulike år, slik at det ikke lenger finner sted i fotball-VM . 2014-cup i Afrika ble derfor ført videre til 2013. I juni 2011 trakk CAF Libya fra å være vertskap for turneringen på grunn av borgerkrigen og den tilhørende uklare situasjonen. I august 2011 ble Libya og verten for 2017-turneringen, Sør-Afrika, enige om å bytte vertsrettigheter.
24. september 2010 kunngjorde CAF at kvalifiseringen ville finne sted uavhengig av kvalifiseringen til verdensmesterskapet i 2014. På grunn av tidsbegrensninger ble deltakerne i den siste runden i Africa Cup 2013 bestemt i tre knockout-runder. I en første utvalgsrunde konkurrerte de lavest plasserte lagene på FIFAs verdensrangering mot hverandre for å redusere banen til 44 lag. Mellom 15. januar 2012 og 15. februar 2012 konkurrerte 28 lag som ikke var deltakere i African Cup of Nations 2012. Disse spilte ut 14 vinnere i første og andre etappe, som igjen konkurrerte i en tredje kvalifiseringsrunde mot de 16 deltakerne i Africa Cup 2012. Vinnerne kvalifiserte seg til finalen sammen med vertene Sør-Afrika.
Gruppetrekningen fant sted 24. oktober 2012. De 16 deltakende lagene ble delt inn i fire potter. Vert Sør-Afrika ble satt som leder av gruppe A, og forsvarende mester Zambia som leder av gruppe C. De øvrige 14 lagene ble klassifisert i henhold til prestasjonene i de tre foregående kontinentale turneringene i henhold til følgende poengsystem:
Poengene for 2012-turneringen ble vektet tre ganger, for 2010 to ganger og for 2008 en gang.
Gryte 1
Gryte 2
Gryte 3
Gryte 4
Sør-AfrikaSør-Afrika (som verter satt til A1) Zambia (som forsvarende mester satt til C1) Ghana (22 poeng) Elfenbenskysten (22 poeng) Zambia Ghana Elfenbenskysten
Med unntak av kampens siste dag fant gruppekampene sted som en del av doble arrangementer. All informasjon i lokal tid ( UTC + 2 ); tilsvarer sentral-europeisk tid (CET) + 1 time.
Kampene i finalerunden ble spilt i knockout-systemet . Hvis det ble uavgjort etter normal spilletid på 90 minutter, ville det være to ekstra tider på 15 minutter, og hvis det fremdeles ikke var noen vinner etter slutten av ekstraomgang, en straffesparkkonkurranse .
I gruppespillet mellom Algerie og Togo bøyde den algeriske Adlène Guedioura en målstolpe for Togo-målet i det 89. minutt da den løp i målnettet. Da måtte målet byttes ut, noe som førte til 13 minutters stoppetid. Denne situasjonen har en viss likhet med torvfallet i Madrid .
I gruppespillet mellom Etiopia og Nigeria så den etiopiske keeperen Sisay Bancha det gule og røde kortet etter en felling i sekstenmeteren i det 89. minutt. Siden den etiopiske utvekslingskontingenten var oppbrukt, sto feltspiller Addis Hintsa Tekle i porten. For dette var det imidlertid ingen keepertrøye, så en trøye måtte limes. Resultatet var åtte minutters stoppetid. Addis klarte ikke å redde den påfølgende straffen for å gjøre det 2-0 for Nigeria.