Quaranja-virus

Quaranja-virus
Cygnet River Square (EID 2012 Fig1a) .jpg

Cygnet River Virus

Systematikk
Klassifisering : Virus
Rike : Riboviria
Empire : Orthornavirae
Phylum : Negarnaviricota
Understamme : Polyploviricotina
Klasse : Insthoviricetes
Bestilling : Articulavirales
Familie : Orthomyxoviridae
Slekt : Quaranja-virus
Taksonomiske egenskaper
Genom : (-) ssRNA segmentert
Baltimore : Gruppe 5
Deksel : tilgjengelig
Vitenskapelig navn
Quaranja-virus
Venstre

Quaranjavirus (foreldet Quarjavirus ) er en slekt av innhyllet RNA - virus i virusfamilien Orthomyxoviridae . Den genomet er segmentert enkelt-trådet RNA fra negativ polaritet . Det er generelt seks genom-segmenter. Typearten er Quaranfil-viruset ( vitenskapelig Quaranfil quaranjavirus ), samt bl.a. den snille Johnston Atoll Virus ( vitenskapelig Johnston Atoll quaranjavirus ). Andre foreslåtte medlemmer er Cygnet River Virus , Lake Chad Virus , Wellfleet Bay Virus og Tyulek Virus. Quaranja-virus påvirker hovedsakelig leddyr og fugler . Imars 2015 ble Quaranfil quaranjavirus imidlertid funnet å være det eneste medlemmet av slekten som har vist seg å (også) infisere mennesker. Quaranfil- og Johnston Atoll-virusenesmitter mellom virveldyrav flått og ligner på medlemmer av slekten Thogotovirus fra samme virusfamilie.

Forskningshistorie

Den Quaranfil Viruset ble først isolert fra mennesker i Egypt i 1953. The Johnston atollen Virus og Lake Chad virus ble først isolert fra fugler i 1964 og 1969, henholdsvis. Basert på utseendet til viruspartiklene ( virioner ) under elektronmikroskopet, foreslo HG Zeller og kolleger i 1989 at de skulle klassifiseres som arenavirus .

Dette ble imidlertid ikke akseptert av den internasjonale komiteen for taxonomi av virus (ICTV). I 2009 foreslo Rachel Presti og kollegaer, basert på sekvensdata og strukturen til viruspartiklene, at de tre virusartene skulle klassifiseres som en ny orthomyxovirus- slekt som opprinnelig het Quarjavirus . Som et resultat ble andre kandidater foreslått som medlemmer av sjangeren. I 2012 ble slekten offisielt foreslått til ICTV under navnet Quaranjavirus i 2012 og formelt bekreftet av dette organet i 2013.

etymologi

Den Quaranfil viruset er oppkalt etter Quaranfil ( arabisk قَرَنْفيل, på tysk "fedd"), en landsby nær Kairo ( Egypt ), hvor viruset ble isolert for første gang. The Johnston atollen Virus er oppkalt etter Johnston atollen i Stillehavet , også fra der viruset først ble isolert. Det generiske navnet kombinerer orddelene "Quaran" med initialene "ja" for Johnston Atoll.

konstruksjon

Skjema tegning av en viruspartikkel (slekter Thogotovirus og Quaranja-virus, tverrsnitt)

Viruspartiklene ( virioner ) av Quaranja virus er innhyllet og kuleformet (sfærisk), ovale (eggformet) eller variabelt formet og har en diameter i området på 80-120  nm . Virion inneholder omtrent ti ribosomlignende granuler , en funksjon kjent fra arenavirusene .

Quaranja virus genom

Det enkeltstrengede RNA- genomet er lineært og segmentert (flerpartitt), vanligvis med seks segmenter fra 0,9 til 2,4  kb og en total størrelse på ca. 11,5 kb. Den Wellfleet Bay-viruset har en syvende segment av 519  nukleotider . Genomet koder for seks eller - i tilfelle Wellfleet Bay-viruset - syv proteiner . PA-, PB1- og PB2-underenhetene til det trimere RNA-polymerase - enzymet som skal kodes, som i andre ortomyxovirus av de tre største segmentene (1-3). Segment 5 koder for konvolutten glykoprotein (GP). Segment 4 og 6 koder proteiner med en ukjent funksjon, foreløpig tilordnet det virale nukleoproteinet eller matriseproteinet . Wellfleet Bay Virus segment 7 koder for et ekstra protein med ukjent funksjon.

Den Quaranjavirus glykoproteinet har ingen likhet med influensavirus -Glykoproteinen ( hemagglutinin og neuraminidase ) til, i stedet, det har enkelte likhetstrekk med den GP64 glykoprotein av baculovirus til å infisere insekter, så vel som den glykoprotein av Thogotoviren , en av flått overføres slekten ortomyksovirus .

Formeringssyklus

Replikeringssyklusen til Quaranfil-viruset tar omtrent 24 til 36 timer, noe som er sammenlignbart med thogotovirus, men langsommere enn influensavirusene.

Vertsspekter og forårsaket sykdommer

Quaranja-virus infiserer både leddyr og virveldyr . De vanligste leddyrvertene er myke legemsarter av flått (familie Argasidae) (). De fleste medlemmer av Quaranjaviridae kan ikke smitte mygg i laboratoriet . I 2015 ble imidlertid flere nye medlemmer av slekten foreslått basert på RNA-sekvenser fra mygg, fluer , så vel som andre insekter og edderkoppen Neoscona (ekte orb-web-edderkopper eller Araneidae ).

De vanligste virveldyrvertene er vannfugler som hekker i kolonier, inkludert havsule , terner og hegre . Den Cygnet River virus og Wellfleet Bay-viruset er en ofte dødelig sykdom hos oppdretts og ville andearter har vært forbundet med symptomer som diaré ( diaré ) og apati . De fleste av de testede slektmedlemmene kan også infisere mus under laboratorieforhold ; de forårsaker alvorlige sykdommer som ofte er dødelige. Den Quaranfil Viruset er hittil den eneste medlem av arten fra hvilken det ble vist at den infiserer mennesker. Infeksjonen ser ut til å være generelt asymptomatisk (uten symptomer på sykdommen), men har noen ganger vært assosiert med mild feber.

Systematikk

Internt system

Fra mars 2019 er det to arter godkjent av Den internasjonale komiteen for taxonomi av virus (ICTV):

  • Slekt Quaranjavirus

Over et dusin andre arter eller stammer som er nærest beslektet med Johnston Atoll Virus, er blitt identifisert ved hjelp av RNA-data fra en rekke leddyr . NCBI kjenner til følgende andre kandidater (fra 5. februar 2021):

  • Arter: " Guadeloupe mygg quaranja-lignende virus " 1 til 3
  • Arter: " Jingshan Fly Virus 1 " (JsFV-1)
  • Arter: " Jiujie Fly Virus "
  • Arter: " Longchuang-virus "
  • Arter: " Sanxia Water Strider Virus 3 " (SxWSV-3)
  • Arter: " Shayang Spider Virus 3 " (SYSV-3)
  • Arter: " Shuangao Insect Virus 4 " (ShiV-4)
  • Arter: " Soyabønnetrips quaranja-lignende virus " 1 til 4
  • Arter: " Wellfleet Bay virus "
  • Arter: " Wuhan Louse Fly Virus 3 " (WhLFV-3)
  • Arter: " Wuhan Louse Fly Virus 4 " (WhLFV-4)
  • Arter: " Wuhan Mosquito Virus 3 " (WHMV-3)
  • Arter: " Wuhan Mosquito Virus 4 " (WHMV-4)
  • Arter: " Wuhan Mosquito Virus 5 " (WHMV-5)
  • Arter: " Wuhan Mosquito Virus 6 " (WHMV-6)
  • Arter: " Wuhan Mosquito Virus 7 " (WHMV-7)
  • Arter: " Wuhan Mothfly Virus "
  • Arter: " Zambezi tick virus 1 " (ZaTV-1)

Hos NCBI som medlemmer av Orthomyxoviridae , men ikke som (trygge) medlemmer av Qaranjavirus som følger eller bruker stammer ( engelske stammer ):

Fylogenetisk tre med Quaranfil-virus , Cygnet River-virus og et utvalg orthomyxovirus basert på matriseproteinet

Eksternt system

Følgende grafikk viser posisjonen til slekten Quaranjavirus i Ortomyxoviridae :

Fylogenetisk tre med Quaranfil-virus , Johnston Atoll-virus , foreslåtte leddlederviruslinjer (rødt) og et utvalg orthomyxovirus

Detaljerte beskrivelser

Noen data er oppsummert i følgende tabell:

Arter / linje RNA-segmenter Diameter (nm) Vektorer Vertebrat verter fordeling henvisning
Cygnet River Musk and Australia
Johnston Atoll 165-200 Ornithodoros flått Kylling , mus Australasia, Stillehavet
Tsjad-sjøen Mus , eggeplommevever (veverfugler) Afrika
Quaranfil ≥6 100 eller 137–156 Argas flått Mus , menneske, sjøfugl Afrika, Asia
Tyulek Sjette Argas flått Asia
Wellfleet Bay ≥7 90-110 Ærfugl Nord Amerika

Typearten er vist med fet skrift .

Quaranfil-virus og relaterte arter eller linjer

Den Quaranfil viruset ble opprinnelig funnet i landsbyene Quaranfil ( arabisk قَرَنْفيل, på tysk "nellike") og Sindbis (også Sindibis, arabisk) سندبيس) I nærheten av Kairo ( Egypt ) hos to barn isolert med lett feber. Antistoffer mot viruset ble oppdaget hos rundt 8% av menneskene som ble prøvetatt i regionen , selv om ingen andre tilfeller av symptomatisk sykdom ble rapportert. Virusets geografiske spekter er bredt, inkludert Nigeria og Sør-Afrika i Afrika; samt Afghanistan , Irak , Iran , Kuwait og Jemen i Midtøsten / Asia . Viruset er også blitt isolert fra sjøfugl og skinn flått (myke og flått) som for eksempel Argas arboreus. Viruset er blitt vist å bli overført mellom virveldyr av flått. I laboratoriet forårsaker det også alvorlig sykdom hos mus.

Cygnet River Virus og Wellfleet Bay Virus

Den Cygnet River viruset ble isolert i 2010 fra befruktede egg (egg med embryo , engelsk embryonerte egg ) av makrell duck ( Cairina moschata ) fra Cygnet River ( Kingscote , Kangaroo Island , Australia). Viruset har vært ansvarlig for et utbrudd av alvorlige sykdommer hos avl.

Den Fleet Bay-viruset var av ærfugl ( Somateria mollissima isolert), på Jeremy Point , Wellfleet Bay ( Cape Cod , Massachusetts USA,), dvalemodus. Viruset var knyttet til et alvorlig sykdomsutbrudd i 2010, og det antas at det var en rekke lignende utbrudd forårsaket av viruset i 1998–2013.

De to linjene er nært beslektede og kan være stammer av samme virusart. De er også relatert til Quaranfil-viruset .

Lake Chad-viruset

Den Lake Chad-virus ( Lake Chad-virus ) ble isolert fra et infisert vever fugl (eggeplomme vever, vitenskapelig Ploceus vitellinus ) fra Lake Chad i Nigeria i 1969 . Viruset forårsaker alvorlig sykdom hos mus under laboratorieforhold. Det er tettest knyttet til Quaranfil-viruset .

Johnston Atoll Virus

The Johnston atollen virus ble først isolert i 1964 fra skinn flått av arten Ornithodoros capensis , som angriper den brune Noddise tern ( Anous stolidus ) fra Sand Island in the Johnston atollen i Stillehavet . Utvalget inkluderer også Hawaii , Australia og New Zealand. Det er vist at viruset overføres mellom virveldyr av flått. I laboratoriet forårsaker det alvorlig sykdom hos mus og kyllinger.

Tyulek-virus

Tyulek-viruset (Tjulok-viruset, TLKV) ble isolert fra lærflått av arten Argas vulgaris - flått som angriper fugler ved Aksu- elven nær den kirgisiske landsbyen Tyulek (også Tjulok, russisk Тюлёк ). Viruset er nært beslektet med Quaranfil-viruset og Johnston Atoll-viruset .

Flere kandidater

13 RNA-sekvenser med en sekvensmatch på 34-40% med Johnston Atoll Virus er identifisert i insekter og edderkopper i Kina. Mistenkte verter inkluderer:

Individuelle bevis

  1. ICTV Master Species List 2018b.v2 . MSL # 34, mars 2019
  2. a b ICTV: ICTV taksonomihistorie: Akabane orthobunyavirus , EC 51, Berlin, Tyskland, juli 2019; Ratifisering av e-post mars 2020 (MSL # 35)
  3. a b c d e f g h i McCauley JW, Hongo S, Kaverin NV, Kochs G, Lamb RA, et al .: Lag 2 nye arter i den foreslåtte nye slekten Quaranjavirus . Den internasjonale komiteen for taxonomi av virus . 2012. Hentet 12. september 2019.
  4. a b c d e f g h i j k l m n o p Presti RM, Zhao G, Beatty WL, Mihindukulasuriya KA, Travassos da Rosa AP: Quaranfil, Johnston Atoll og Lake Chad virus er nye medlemmer av familien Orthomyxoviridae . I: Journal of Virology . 83, nr. 22, 2009, s. 11599-606. doi : 10.1128 / JVI.00677-09 . PMID 19726499 . PMC 2772707 (fri fulltekst).
  5. a b c d e f g h Zeller HG, Karabatsos N, Calisher CH, Digoutte JP, Murphy FA, ​​Shope RE: Elektronmikroskopi og antigene studier av ikke-karakteriserte virus. I. Bevis som antyder plassering av virus i familiene Arenaviridae , Paramyxoviridae eller Poxviridae . I: Archives of Virology . 108, nr. 3-4, 1989, s. 191-209. doi : 10.1007 / bf01310934 .
  6. a b c d e f Kessell A, Hyatt A, Lehmann D, Shan S, Crameri S et al .: Cygnet River virus, et nytt orthomyxovirus fra ender, Australia . I: Emerging Infectious Diseases . 18, nr. 12, 2012, s. 2044-46. doi : 10.3201 / eid1812.120500 . PMID 23171630 . PMC 3557875 (gratis fulltekst).
  7. a b c d e L'vov DK, Al'khovskiĭ SV, Shchelkanov MIu, Shchetinin AM, Deriabin PG, Aristova VA, Gitel'man AK, Samokhvalov EI, Botikov AG: Taksonomisk status for Tyulek-viruset (TLKV) (Orthomyxoviridae , Quaranjavirus, Quaranfil-gruppe) isolert fra flåttene Argas vulgaris Filippova, 1961 ( Argasidae ) fra fugleregnsbiotopene i Kirgisistan . I: Voprosy virusologii . 59, nr. 2, 2014, s. 28–32. PMID 25069282 .
  8. a b c d e f g h i j k l m Allison AB, Ballard JR, Tesh RB, Brown JD, Ruder MG et al .: Syklisk fuglemassedødelighet i det nordøstlige USA er assosiert med et nytt ortomyxovirus . I: Journal of Virology . 89, nr. 2, 2015, s. 1389-403. doi : 10.1128 / JVI.02019-14 . PMID 25392223 . PMC 4300652 (fri fulltekst).
  9. a b c d Li CX, Shi M, Tian JH, Lin XD, Kang YJ et al .: Enestående genomisk mangfold av RNA-virus i leddyr avslører forfedrene til RNA-virus med negativ sans . I: eLife . 4, 2015. doi : 10.7554 / elife.05378 . PMID 25633976 . PMC 4384744 (gratis fulltekst).
  10. ICTV-taksonomihistorie for Quaranjavirus . Den internasjonale komiteen for taxonomi av virus . Hentet 16. mars 2015.
  11. ^ Adams MJ, King AM, Carstens EB: Ratifikasjonsstemme om taksonomiske forslag til Den internasjonale komiteen for taxonomi av virus (2013) . I: Archives of Virology . 158, nr. 9, 2013, s. 2023-30. doi : 10.1007 / s00705-013-1688-5 . PMID 23580178 .
  12. a b ViralZone : Quaranja-virus . Swiss Institute of Bioinformatics (SIB). Hentet 12. september 2019.
  13. a b c Beskrivelser av plantevirus: Merknader om slekten: Quaranjavirus . Rothamsted Research . Hentet 12. september 2019.
  14. ICTV : Master Species List 2018b.v2 MSL # 34v fra april 2019
  15. NCBI: Uklassifisert Quaranja-virus
  16. NCBI: Jingshan Fly Virus 1 (art)
  17. NCBI: Jiujie Fly Virus (art)
  18. NCBI: Longchuang-virus (art)
  19. NCBI: Sanxia Water Strider Virus 3 (art)
  20. NCBI: Shayang Spider Virus 3 (art)
  21. NCBI: Shuangao Insect Virus 4 (art)
  22. NCBI: Wuhan Louse Fly Virus 3 (art)
  23. NCBI: Wuhan Louse Fly Virus 4 (art)
  24. NCBI: Wuhan Mosquito Virus 3 (art)
  25. NCBI: Wuhan Mosquito Virus 4 (art)
  26. NCBI: Wuhan Mosquito Virus 5 (art)
  27. NCBI: Wuhan Mosquito Virus 6 (art)
  28. NCBI: Wuhan Mosquito Virus 7 (art)
  29. NCBI: Wuhan Mothfly Virus (art)
  30. NCBI: Zambezi flåttvirus 1 (art)
  31. NCBI: Cygnet River-virus (art)
  32. NCBI: Lake Chad virus (art)
  33. NCBI: Wellfleet Bay-virus (art)
  34. ^ Vsevolod L. Popov, Robert B. Tesh, Scott C. Weaver. Nikos Vasilakis: Elektronmikroskopi i Discovery of Novel and Emerging Viruses from the Collection of the World Reference Center for Emerging Viruses and Arboviruses (WRCEVA) , i: Virus 11 (5), 2019, s. 477, doi: 10.3390 / v11050477
  35. Tyulek Virus , on: Influenza News - En Encyclopedia of Forever Changing Virus (Blog)