Picornaviridae
| Picornaviridae | ||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||||||||
| Systematikk | ||||||||||||||
| ||||||||||||||
| Taksonomiske egenskaper | ||||||||||||||
| ||||||||||||||
| Vitenskapelig navn | ||||||||||||||
| Picornaviridae | ||||||||||||||
| Venstre | ||||||||||||||
|
Familien med picornavirus ( Picornaviridae ) består av ikke-innhyllede virus med et enkeltstrenget, lineært RNA med positiv polaritet som genomet . Med en størrelse på 22 til 30 nm, tilhører virusene i denne familien de minste virusene, noe som førte til navnet på genomet pico (latin for veldig lite ) og rna .
Picornavirus finnes i et stort utvalg av virveldyr og forårsaker svært forskjellige sykdommer, f.eks. B. en ufarlig forkjølelse , diaré , betennelse i slimhinner eller infeksjoner i sentralnervesystemet . De mange typene av picornavirus er vanligvis delt inn i mange undertyper, da de er preget av en stor overflateavvik og tilhørende antigenetisk variasjon; så langt er rundt 370 typer klassifisert. Viktige representanter for Picornaviridae er, for eksempel, hepatitt A-virus hos mennesker , den poliovirus i enterovirus- slekten , de rhinovirus (de fleste vanlige patogener som forårsaker forkjølelse) og Coxsackie virus , og munn- og klovsyke-virus hos dyr .
morfologi
De virioner (viruspartikler) av Picornaviridae har en rund form og er omtrent 22-30 nm i diameter. De består av et ikke-innhyllede, tyveflatede kapsid som består av fire virusproteiner VP1, VP2, VP3 og VP4. I noen virusarter er det fortsatt et forløperprotein VP0 i kapsiden i små mengder, hvorfra proteinene VP2 og VP4 dannes under modningen av partiklene ved proteolytisk spaltning . De fire strukturelle proteinene VP1-4 danner sammen en capsomer, der VP4 leder den indre kapsidsiden og er assosiert med viralt RNA via dets positivt ladede aminosyrerester . I et picornavirus capsid danner 60 capsomerer en icosahedron ( T = 1 ). Overflaten til virionet dannes bare av de tre proteinene VP1-3, slik at bare disse er ansvarlige for de antigenetiske egenskapene og inndelingen i serotyper .
På grunn av fraværet av en viruskappe er picornavirusene veldig stabile mot alkoholer ( etanol , 2-propanol ) og milde vaskemidler (såpe). Artene av slektene Enterovirus og Hepatovirus er også stabile i nærvær av sterke vaskemidler og i lengre perioder ved pH-verdier under 3,0, noe som gir dem eksepsjonell miljømotstand. På grunn av denne syrestabiliteten inaktiveres ikke virusene fra disse to slektene av det sure miljøet i magen ; Derfor går infeksjonsveien til disse virusene hovedsakelig gjennom fordøyelseskanalen, hvorfra de også kan nå andre målorganer ( CNS , lunger). Enterovirus er følsomme for uttørking og moderat oppvarming (50 ° C). Alle andre syrelabile picornavirus infiserer nasopharynx fortrinnsvis gjennom dråpe- og smøreinfeksjon . Rhinovirus er mer følsomme; de er bare stabile ved en pH-verdi på 6,0-7,5 og er ekstremt temperaturfølsomme.
Det virale genomet består av en enkelt-trådet RNA med positiv polaritet . Lengden på RNA varierer mellom slektene fra 7,2 ( rhinovirus ) til 8,5 ( aphthovirus ) kB . Mellom to ikke-kodende områder i 3'- og 5'-ender der er en enkelt åpen leseramme (ORF) for en viral forløper polyprotein , som er spaltet opp i individuelle virusproteiner under oversettelse . Ved 3'-enden er det en poly-A-hale som er typisk for positive strengede RNA-virus . RNA-seksjonen ved 5'-enden før startkodonet blir brettet til en kompleks sekundær struktur av mange baseparringer i RNA-molekylet , som funksjonelt viser aktiviteten til et IRES ( internt ribosomalt inngangssted ). Denne strukturen brukes til å initiere translasjon på ribosomene og ble først beskrevet for picornavirus.
Systematikk
Følgende system tilsvarer ICTV- statusen i mars 2020, supplert med den foreslåtte inndelingen i såkalte supergrupper (i rang av underfamilier ) og andre foreslåtte kategorier (i anførselstegn). Bare et utvalg av arten er gitt.
- Bestill picornavirales
-
- Familie Picornaviridae
-
- "Super gruppe 1"
-
- Slekt Ailurivirus
- Aftovirus fra slekten
- Slekt bopivirus
- Slekt kardiovirus
- Arter Kardiovirus A (med encefalomyokardittvirus = ECM-virus, mengovirus )
- Arter Kardiovirus B (med Theiler's murine encephalomyeltits virus = TMEV, Theilovirus)
- Arter Cardiovirus C (med Boone Cardiovirus = BCV)
- Slekt Cosavirus
- Slekt Erbovirus
- Slekt Hunnivirus
- Slekt malagasivirus
- Slekt blandet virus
- Slekten Mosavirus
- Slekt Senecavirus
- Slekt Teschovirus
- Slekt Torchivirus
- Slekt Tottorivirus
- "Super gruppe 2"
-
- Slekt Dicipivirus
- Slekt gallivirus
- Arter Gallivirus A (med kalkun gallivirus alias Tyrkia gallivirus)
- Arter " Chicken Gallivirus 1 " også kjent som " Chicken gallivirus 1 "
- Arter " Gallivirus Pf-CHK1 / GV "
- Arter " Red-necked stint gallivirus "
- Slekt Kobuvirus
- Arter Aichivirus A
- Arter Aichivirus B
- Arter Aichivirus C
- Arter Aichivirus D
- Arter Aichivirus E
- Arter Aichivirus F
- Slekt Livupivirus
- Slekten Megrivirus
- Arter Megrivirus A (med gås megrivirus alias Goose megrivirus )
- Arter Megrivirus B (med picornavirus HK21)
- Arter Megrivirus C
- Arter Megrivirus D
- Arter Megrivirus E (med penguin megrivirus alias Penguin megrivirus )
- Arter kalkun hepatitt virus | Melegrivirus En alias kalkun hepatitt virus (Tyrkia hepatitt virus 0091,1, Tyrkia hepatitt virus 2993D)
- Arter " Avocet megrivirus "
- Arter " Chicken Megrivirus " (aka " Chicken megrivirus ")
- Arter " duck megrivirus " 8 også kjent som " duck megrivirus ")
- Arter " Pacific black duck megrivirus "
- Arter " Pink-eared duck megrivirus "
- Arter " Red-capped plover megrivirus "
- Arter " Tyrkia Megrivirus " (også kjent som " Tyrkia megrivirus ")
- Slekt Oscivirus
- Arter Oscivirus A (med Oscivirus A1; Oscivirus A2):
- Slekt passerivirus
- Arter passerivirus A (med passerivirus A1)
- Slekten " Pinguvirus "
- Arter " Pingu picornavirus " (funnet i Gentoo- pingviner ( Pygoscelis papua )
- Slekt Poecivirus
- Slekt rafivirus
- Arter Rafivirus A (med Tortoise Rafivirus A)
- Arter Rafivirus B
- Arter Rafivirus C (med Hainan gekko similignum picornavirus)
- Slekt rosavirus
- Arter Rosavirus A (med Rosavirus A1 med Rosavirus M-7; Rosavirus A2)
- Arter Rosavirus B (med Norge rotterosavirus)
- Arter Rosavirus C
- Slekten Sakobuvirus
- Arter Sakobuvirus A (med Feline sakobuvirus A)
- Slekt Salivirus
- Arter Salivirus A (med human klasse virus 1, Salivirus A SZ1, Salivirus CH, 1, Salivirus NG-F1, Salivirus NG-J1, Salivirus SH1)
- Slekt Sicinivirus
- Art Sicinivirus A (med Sicinivirus Pf-CHK1 / SiV)
- uklassifisert slekt
- Arter " Turdivirus 1 "
- Arter " Turdivirus 3 "
- "Super gruppe 3"
- Enterovirus slekten (inkludert den tidligere " rhinovirus " slekten )
- Slekt rabovirus
- Slekt sapelovirus
- Slekten " Anativirus "
- "Super gruppe 4"
-
- Slekt Aalivirus
- Slekten Aquamavirus
- Slekt Avihepatovirus
- Arter and and hepatitis virus 1 (DHV-1)
- Arter and and hepatitis virus 3 (DHV-3)
- Slekt Avisivirus
- Slekt Crohivirus
- Slekt Kunsagivirus
- Slekten Limnipivirus
- Slekt Orivirus
- Parechovirus fra slekten
- Arter Parechovirus A
- Arter Parechovirus B (med Ljungan-virus)
- Arter Parechovirus C
- Arter Parechovirus D
- Arter Parechovirus E
- Arter Parechovirus F
- Slekt pasivirus
- Slekt Potamipivirus
- Slekt Shanbavirus
- "Super gruppe 5"
-
- Slekt hepatovirus
- Arter Hepatitt A Virus (HAV, offisielt Hepatovirus A , HVA)
- Arter Phopivirus (offisielt Hepatovirus B , HVB)
- Arter Hedgehog hepatovirus (offisielt Hepatovirus H , HVH)
- Slekt tremovirus
- "Super gruppe 6"
- Slekt Harkavirus
- uten tildelt supergruppe
-
- Slekt ampivirus
- Slekt Boosepivirus
- Slekt Crahelivirus
- Slekt diresapivirus
- Slekten Felipivirus
- Slekt Fipivirus
- Slekten Gruhelivirus
- Slekten Grusopivirus
- Slekt hemipivirus
- Slekt Ludopivirus
- Slekt Mupivirus
- Slekt Myrropivirus
- Parabovirus fra slekten
- Slekt rå virus
- Slekt Symapivirus
- Slekt tropivirus
- uten tildelt slekt
- Arter syre- stabil equine picornavirus ( Syre-stabile equine picornavirus , EqPV)
- Arter Avian enterovirus-lignende virus 2 ( Avian entero-lignende virus 2 , Älv-2)
- Arter " Avian Entero-like Virus 3 " (AELV-3)
- Arter " Avian Entero-like Virus 4 " (AELV-4)
- Arter " Avian nefritis virus 3 " ( Avians nefritis virus 3 , ANV-3)
- Arter " Barramundi virus " ("Barramundi virus", BaV-1) ( Barramundi , Lates calcarifer )
- Arter " Entero-lignende virus av kakadue " (" kakadue entero-lignende virus ," CELV)
- Arter " smittsomt perlehøne-enterittvirus " (" Overførbart enterittevirus fra perlehøns ", GTEV)
- Arter " Picorna-lignende virus av seglet " (" Seal picorna-like virus ", SPLV) - se også Anthony et al. (2015) og Krumbholz et al. (2017)
- Arter " Sea bass virus 1 " (" Sea-bass virus ", SBV-1) - akronym SBV ikke klart, også for Schmallenberg-virus ))
- Arter " Sikhote-Alyn virus " (" Sikhote-Alyn virus ", SAV)
- Arter " stintvirus 1 " (" Smeltvirus 1 ," SMV-1) ( smelter , slekt Osmerus med Norge )
- Arter " stint virus 2 " (" Smelt virus 2 ," SMV-2)
- Arter " Syr-Daria-Valley-Fever-Virus " (" Syr-Darya Valley fever virus ", SDFV)
- Arter " Piggvarevirus 1 " (" Piggvarevirus 1 ", TuV-1)
- Arter " Entero-lignende virus av kalkun " (" Tyrkia entero-lignende virus ," Telv)
- Arter " Pseudoenterovirus kalkun 1 " (" Turkey pseudo enterovirus 1 ", TPEV-1)
- Arter " Pseudoenterovirus kalkun 2 " (" Turkey pseudo enterovirus 1 ", TPEV-2)
Picornaviridae- familien deler mange egenskaper som kapsidarkitekturen, genomorganisasjonen og fylogenetisk veldig like virale proteiner med andre virusfamilier. Helheten av disse lignende virusgruppene har blitt referert til som supergruppen picornavirus . De virus ordre Picornavirales av den Picornaviridae har siden dukket opp fra denne gruppen .
hovne opp
- ↑ a b c d e ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1 , Ny MSL inkludert alle taxaoppdateringer siden 2018b-utgivelsen, mars 2020 (MSL # 35)
- ↑ a b c d Albert Heim: Picornaviruses . I: Sebastian Suerbaum, Gerd-Dieter Burchard, Stefan HE Kaufmann, Thomas F. Schulz (red.): Medisinsk mikrobiologi og smittsomme sykdommer . Springer-Verlag, 2016, ISBN 978-3-662-48678-8 , pp. 457-458 , doi : 10.1007 / 978-3-662-48678-8_55 .
- ↑ ViralZone: ICTV 2016 Master Species List # 31 with Acronyms, (Excel XLSX) , SIB Swiss Institute of Bioinformatics
- Super Supergrupper av slekten , The Picornavirus Pages (2006-2019), The Pirbright Institute, Storbritannia
- ↑ SIB: kardiovirus , på: ViralZone
- ↑ NCBI: kardiovirus (slekt)
- ↑ a b c d e Eda Altan, Kristen Aiemjoy, Tung G.Phan, Xutao Deng, Solomon Aragie, Zerihun Tadesse, Kelly E. Callahan, Jeremy Keenan, Eric Delwart: Enterisk virome av etiopiske barn som deltar i en intervensjonsforsøk med rent vann , i: Plos One, 16. august 2018, doi: 10.1371 / journal.pone.0202054
- ↑ NCBI: Gallivirus (slekt)
- ↑ a b c d e f William Marciel de Souza, Marcılio Jorge Fumagalli, Matheus Cavalheiro Martin, Jansen de Araujo, Maria Angela Orsi, Luiz Francisco Sanfilippo, Sejal Modha, Edison Luiz Durigon, Jose Luiz Proenca-Modena, Clarice Weis Arns, Pablo Ramiro Murcia, Luiz Tadeu Moraes Figueiredo: Pingu virus: En ny picornavirus i pingviner fra Antarktis], i: Virus Evolution 5 (2), 2019, doi: doi: 10.1093 / ve / vez047
- ↑ NCBI: Kobuvirus (slekt)
- ↑ NCBI: Megrivirus (slekt)
- ↑ NCBI: Oscivirus (slekt)
- ↑ NCBI: Passerivirus (slekt)
- ↑ NCBI: Rafivirus (slekt)
- ↑ NCBI: Rosavirus (slekt)
- ↑ NCBI: Sakobuvirus (slekt)
- ↑ NCBI: Salivirus (slekt)
- ↑ NCBI: Sicinivirus (slekt)
- ↑ SIB: Hepatovirus , på: ViralZone
- ↑ a b c d e f g h i j k ICTV: Family - Picornaviridae (2012) and Picornaviridae (2011) , Virus Taxonomy: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses
- ↑ a b c Nick J. Knowles: A Pan-Picornavirus RT-PCR: Identification of Novel Picornavirus Species , Institute for Animal Health (IAH), Pirbright Laboratory, Pirbright, Woking, Surrey, UK (udatert)
- ↑ a b c d e f g h i j k l m n o p q r ABAS : TRBA 462 "Klassifisering av virus i risikogrupper" , tekniske regler for biologiske agenter, nr. 462, GMBL nr. 15-20 fra 25 . April 2012, siste endring: 3. juli 2018
- ↑ Thomas J. Divers et al. : Nytt parvovirus assosiert med serumhepatitt hos hester etter inokulering av vanlig biologisk produkt. I: Emerging smittsomme sykdommer. Volum 24, nummer 2, 02 2018, s. 303-310, doi : 10.3201 / eid2402.171031 , PMID 29350162 , PMC 5782890 (fri fulltekst).
- ↑ a b c d e f Avian PLV , on: The Picornavirus Pages
- ↑ Sjaak de Wit, Carla Schrier, Gerdy Ten Dam, Yvonne Biermann, Ineke Verstegen, Frans Edens: Påvisning og karakterisering av et nytt astrovirus hos kylling og kalkuner med enterisk og bevegelsesforstyrrelser , i: Avian Pathology, Taylor & Francis, 2011, s . 1ff, doi: 10.1080 / 03079457.2011.596813 , hal-00720583 (fortrykk)
- J SJ Anthony, JA St.Leger, E. Liang, AL Hicks, MD Sanchez-Leon, K. Jain, JH Lefkowitch, I. Navarrete-Macias, N. Knowles, T. Goldstein, K. Pugliares, HS Ip, T Rowles og WI Lipkina: Discovery of a Novel Hepatovirus (Phopivirus of Seals) Related to Human Hepatitis A Virus. I: mBio. Volum 6, nummer 4, august 2015, s. E01180-15, doi : 10.1128 / mBio.01180-15 , PMID 26307166 , PMC 4550696 (fri fulltekst).
- ^ Andi Krumbholz, Marco Groth, Jan Esefeld, Hans-Ulrich Peter, Roland Zell: Genome Sequence of a Novel Picorna-Like RNA Virus from Feces of the Antarctic Fur Seal (). I: Genom-kunngjøringer. Volum 5, nummer 36, september 2017, s., Doi : 10.1128 / genomA.01001-17 , PMID 28883153 , PMC 5589547 (fri fulltekst).
- ^ Eugene V. Koonin, Valerian V. Dolja, Mart Krupovic: Opprinnelse og utvikling av virus av eukaryoter: Den ultimate modulariteten , i: Virology, Mai 2015; 479-480. 2-25, PMID 25771806 , PMC 5898234 (fri fulltekst).
litteratur
- G. Stanway, F. Brown et al. : Picornaviridae. I: CM Fauquet, MA Mayo et al.: Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses , London, San Diego, 2005, s. 757-778
- David M. Knipe, Peter M. Howley, et al. (Red.): Fields 'Virology, 4. utgave, Philadelphia 2001
- S. Mordow, D. Falke: Molecular Virology , Spectrum Akad. Verlag, Heidelberg, Berlin 1997