Joakim Aune debuterte 15. og 16. desember 2012 i Winterberg i FIS Cup , hvor han endte 19. og 6.. Etter den debuten varte han imidlertid i nesten to år før han gikk inn i neste konkurranse. 27. september 2014 Aune gjorde sin debut i den Continental Cup i Trondheim og nådde sted 35. Siden da har andre andeler i serien konkurranser fulgt regelmessig. Han oppnådde sine beste plasseringer i Continental Cup så langt på konkurransene i Engelberg 27. og 28. desember, der han ble nummer to og tredje. Dette var også hans første pallplasseringer i Continental Cup.
I mars 2017 debuterte Joakim Aune på Raw Air 2017 i Oslo i Ski Jumping World Cup , der han endte 21. i den individuelle konkurransen og dermed samlet sine første VM-poeng.
16. august 2019 vant Aune Continental Cup-konkurransen i Frenštát pod Radhoštěm . I november 2020 ble avslutningen på karrieren kunngjort.