Fra 1999 hoppet Andersen, som startet for Isfjorden IL-klubben, i Continental Cup (COC). Den første sesongen lyktes imidlertid ikke. Til slutt, med bare fem COC-poeng vunnet, klarte han bare å oppnå plass 127 på den samlede rangeringen. I den påfølgende sesongen var hoppingen mer vellykket, slik at han til slutt endte på 34. plass i den samlede Continental Cup med 286 poeng.
På junior-verdensmesterskapet i 2000 i Štrbské Pleso vant han sølvmedaljen i hopp sammen med Erik Leine Wangen , Thomas Lobben og Anders Bardal . Laget måtte bare innrømme nederlag for laget fra Østerrike . 19. mars 2000 hoppet Andersen i verdenscupen for skihopp for første gang og klarte å vinne sine første verdenscuppoeng med 23. plass i skiflyging i Planica . Til slutt endte han på 70. plass i den generelle verdensrankingen for 1999/2000 sesongen . I de påfølgende tre verdensmesterskapskonkurransene i begynnelsen av 2001/2002 sesongen, som Andersen nektet, forble han meningsløs. Fra 26. desember 2001 starter han bare igjen i Continental Cup. Allerede i sin første konkurranse kom han 8. på den vanlige bakken i St. Moritz . På slutten av sesongen ble han 78. på den samlede Continental Cup-rangering med 129 poeng. Andersen konkurrerte sitt siste internasjonale hopp 25. august 2002 på Marikollen i Rælingen .