Den tredje liga 2009/10 var den andre sesongen av single-track tredje liga . Det begynte 25. juli 2009 og endte 8. mai 2010 med den 38. og siste dagen i kampen. To uker etter 3. divisjon startet Bundesliga og 2. Bundesliga sesongen 2009/10.
Etter den 37. kampdagen var FC Erzgebirge Aue den første som ble opprykket til 2. Bundesliga . På den 38. kampdagen ble VfL Osnabrück mestere som andre promotorer og klarte dermed å bli opprykket igjen direkte. Den FC Ingolstadt 04 seiret som tredje i tabellen i nedrykks mot Hansa Rostock , den tredje fra bunnen av andre Bundesliga. I prinsippet var alle klubber kvalifisert for opprykk, med unntak av de fire andre representantene for Bundesliga-klubber. De fire første av tabellen ble også automatisk kvalifisert til den første hovedrunden i DFB Cup 2010/11 .
De to nedrykkskampene mellom det sekstende i 2. Bundesliga og den tredje i 3. divisjon fant sted 14. mai 2010 (20.30) og 17. mai 2010 (20.30). FC Ingolstadt 04 vant begge kampene (1-0 og 2-0) og ble opprykket til 2. Bundesliga. Hansa Rostock var tredje klasse for første gang i klubbens historie.
Sammen med dfb.de gjennomførte internettplattformen fussball.de for første gang denne sesongen et valg til månedens fotballspiller. I kalendermånedene da spillet var i spill nominerte trenerne til de 20 deltakende klubbene totalt fem spillere, hvorav den ene ble kåret til månedens spiller via en internettstemme. På slutten av sesongen var de månedlige vinnerne da kvalifisert for en ny stemme på nettet til Årets spiller, med Björn Lindemann , som tidligere hadde vunnet tre av de åtte spillerne av Månedens titler.
Dynamo Dresden hadde det høyeste gjennomsnittlige oppmøtet med 14 440 besøkende per kamp. Som i forrige sesong hadde de andre Bundesliga-lagene de laveste oppmøtetallene. Den mest populære kampen var kampen mellom Dynamo Dresden og Carl Zeiss Jena på kampdag 35 med 29.000 tilskuere. Bare 260 tilskuere så kampen Bayern München II mot SV Sandhausen 28. kampdag.